在编写合同时，原则上应当以补遗后的内容为准进行修改，但需结合具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、补遗文件的性质与效力
补遗文件通常是在招标文件发布后，招标人对招标文件中的某些内容进行澄清、修改或补充而发布的文件。根据相关法律法规及实践，补遗文件一旦发布，即成为招标文件的组成部分，与原招标文件具有同等法律效力。因此，在编写合同时，如果补遗文件对原招标文件中的某些条款进行了修改或补充，那么应当以补遗文件的内容为准。
二、合同编写的基本原则
- 准确性原则：合同内容应当准确反映双方当事人的真实意思表示，避免出现歧义或误解。因此，在编写合同时，应当仔细核对招标文件及补遗文件的内容，确保合同条款与招标文件及补遗文件的要求一致。
- 完整性原则：合同应当包含所有必要的条款和要素，以确保合同的完整性和可执行性。在编写合同时，除了参考招标文件及补遗文件外，还需要根据具体情况添加其他必要的条款，如违约责任、争议解决方式等。
三、实际操作中的注意事项
- 仔细阅读招标文件及补遗文件：在编写合同时，务必仔细阅读招标文件及补遗文件的所有内容，特别是关于合同条款的部分。确保对招标文件及补遗文件的要求有充分的理解。
- 及时沟通与确认：如果在编写合同过程中发现招标文件及补遗文件之间存在矛盾或不一致之处，或者对某些条款的理解存在疑问，应当及时与招标人进行沟通并确认。以避免因理解不一致而导致的合同纠纷。
- 保留相关证据：在编写合同过程中，应当保留好招标文件、补遗文件以及与招标人的沟通记录等相关证据。以备在合同履行过程中或发生纠纷时作为证明材料使用。
四、特殊情况的处理
如果补遗文件并未对原招标文件中的所有条款进行修改或补充，而是仅对部分条款进行了调整，那么在编写合同时，应当分别对待：
- 对于补遗文件中已经修改或补充的条款，应当以补遗文件的内容为准进行编写。
- 对于补遗文件中未涉及的原招标文件条款，则仍然按照原招标文件的要求进行编写。
在编写合同时，务必以补遗后的内容为准进行修改，但也要结合具体情况进行判断和处理。如果你在编写合同过程中遇到任何法律问题或疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。