招标文件中的合同草案是可以修改补充的，但实质性条款除外。以下是对这一问题的详细分析：
一、修改的基本原则与前提
法律允许范围内：
- 任何对招标文件合同草案的修改都必须在法律允许的范围内进行，不得违反《中华人民共和国招标投标法》及其相关实施条例等法律法规的强制性规定。否则，修改内容可能被视为无效。
公平、公正、诚实信用：
- 修改应遵循公平、公正的原则，不得损害其他投标人的合法权益，也不得为招标人带来不当利益。同时，应确保整个修改过程透明、公开，以维护招投标的公正性和严肃性。
明确性与有效性：
- 修改内容需明确具体，包括修改的条款、原因及修改后的表述。修改后的合同草案应作为招标文件的补充部分，与原文具有同等法律效力。
二、招标过程中的修改
开标前修改：
- 招标人在开标前有权对招标文件（包括合同草案）进行澄清或修改。但此类修改需在提交投标文件截止时间至少十五日前，以书面形式通知所有招标文件收受人。这是为了确保潜在投标人有足够的时间根据修改调整投标策略和编制投标文件。
通知与解释：
- 在修改过程中，招标人应详细说明修改的原因和内容，并确保所有投标人都能及时收到并理解这些修改。这有助于避免后续因信息不对称而引发的争议。
三、中标后合同签订阶段的修改
实质性内容不可轻易修改：
- 中标后，双方应按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。实质性内容主要包括合同标的、价款、质量、履行期限等。对这些条款的修改可能影响招投标活动的公正性和其他未中标投标人的权益。
非实质性内容可协商修改：
- 对于合同中的一些非实质性条款，如具体的付款方式细节（不改变付款周期和总金额）、双方沟通的具体联络方式等，在双方协商一致的情况下可以进行修改。这种修改不会改变合同的实质性内容，因此是允许的。
特殊情况下的修改：
- 如遇法律法规发生重大变更或不可抗力等特殊情形，导致原合同草案无法执行或显失公平，双方可协商对合同进行合理修改。但此类修改需有充分的证据和合理的解释，并可能需要经过相关监管部门的认可。
四、法律建议与风险提示
法律建议：
- 在修改招标文件中的合同草案时，建议招标人咨询专业律师的意见，以确保修改内容的合法性、有效性和可操作性。同时，应充分考虑到修改可能对招投标活动和其他投标人产生的影响，以及可能引发的法律风险。
风险提示：
- 如果招标人未经合法程序擅自修改招标文件中的合同草案，特别是实质性条款，可能会面临法律责任和声誉损失。此外，如果修改内容导致合同无法履行或引发争议，招标人可能需要承担违约责任或赔偿责任。
如有任何关于招标文件合同草案修改的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。