实习生三方协议中违约金的数额并没有一个固定的标准，其合法性及具体数额需根据协议内容、双方约定以及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合法性判断
真实意思表示：如果三方协议中的违约金条款是各方当事人真实意思的表示，且不存在欺诈、胁迫等情形，同时不违反法律法规的强制性规定，那么该违约金条款通常是合法有效的。这是基于《中华人民共和国民法典》中关于民事合同效力的基本规定。
数额合理性：违约金的数额应当合理，既要能够弥补守约方的损失，又不能过分高于实际损失。如果违约金数额过高，远远超过了因违约行为可能给对方造成的损失，该条款可能会被认定为显失公平，从而面临被撤销或调整的风险。
二、具体数额的确定
双方协商：实习生与用人单位在签订三方协议时，可以就违约金的数额进行协商，并达成一致意见。这种协商方式能够充分体现双方的意愿和利益平衡。
参考行业标准或惯例：在某些行业或领域，可能存在关于实习生违约金数额的行业标准或惯例。双方可以参考这些标准或惯例来确定违约金的数额，但需注意这些标准或惯例并非法律强制性规定，仅具有参考价值。
法院或仲裁机构调整：如果双方就违约金的数额无法达成一致意见，或者在履行协议过程中发生争议，可以向法院起诉或申请仲裁。法院或仲裁机构会根据实际情况对违约金的合理性进行审查，并作出相应调整。
三、特殊情况下的处理
显失公平：若违约金数额过高，构成显失公平，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销或对违约金进行调整。这是为了保护弱势方的利益，防止因违约金数额过高而导致的不公平结果。
违反法律强制性规定：虽然目前并没有明确的法律法规禁止三方协议约定违约金，但若违约金条款违反了其他相关法律法规的强制性规定（如劳动法中关于劳动者权益保护的规定），也会被认定为无效。
格式条款排除学生主要权利：如果三方协议是用人单位提供的格式条款，其中的违约金条款不合理地免除或者减轻其责任、加重学生责任、限制学生主要权利的，该条款可能无效。例如，条款中只规定了学生违约需要支付高额违约金，却对用人单位的违约情形不设置对等的违约责任。
四、建议与提醒
谨慎审查协议条款：实习生在签订三方协议时，应仔细审查协议中的违约金条款，确保其合法性和合理性。如有疑问或不确定之处，应及时向用人单位或专业律师咨询。
保留相关证据：在履行协议过程中，实习生应保留好与协议履行相关的证据材料（如工作记录、沟通记录等），以便在发生争议时能够证明自己的权益。
及时维权：如果实习生认为三方协议中的违约金条款不合理或存在违法行为，应及时与用人单位协商解决。若协商不成，可以通过向人民法院起诉或申请仲裁的方式来维护自己的合法权益。
总结来说，实习生三方协议中违约金的数额并没有一个固定的标准，而是需要根据协议内容、双方约定以及相关法律法规来综合判断。在签订协议时，实习生应谨慎审查违约金条款的合法性和合理性，并在必要时采取适当措施维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。