当第二大股东被申请实质合并破产清算时，可能会产生以下一系列影响和后果：
对第二大股东自身的影响：
- 资产清算与分配：一旦第二大股东被裁定进入实质合并破产清算程序，其名下的所有资产（包括但不限于股权、房产、车辆、存款等）都将被纳入清算范围。清算组会依法对这些资产进行评估、变卖，并按照法定顺序清偿债务。
- 信用记录受损：破产清算记录将严重损害第二大股东的信用记录，影响其未来在金融市场的融资能力，甚至可能波及其个人生活，如租房、购车等需要信用评估的场合。
- 限制高消费与出行：在破产清算期间及之后的一段时间内，第二大股东可能会受到限制高消费的约束，如不能乘坐飞机头等舱、入住星级酒店等，同时其出行也可能受到一定限制。
对公司的影响：
- 股权结构变动：第二大股东的破产清算可能导致其持有的公司股权被拍卖或转让，从而引发公司股权结构的变动。这可能影响到公司的控制权分配、决策机制以及未来战略发展方向。
- 经营稳定性受挑战：如果第二大股东在公司中扮演着重要角色，如提供关键资源、技术或市场渠道等，其破产清算可能会对公司的经营稳定性造成冲击。公司需要迅速调整战略，寻找新的合作伙伴或资源，以弥补第二大股东退出带来的空缺。
- 债权人利益保护：在实质合并破产清算中，如果第二大股东的债务与公司债务存在混同情况，公司的其他债权人可能会面临更大的风险。清算组需要依法保护所有债权人的利益，确保债务得到公平清偿。
对其他股东的影响：
- 股权价值稀释：第二大股东的破产清算可能导致其持有的股权被低价拍卖或转让，从而稀释其他股东的股权价值。这可能引发其他股东的不满和担忧，甚至可能导致公司内部的矛盾和冲突。
- 决策权变化：随着第二大股东股权的变动，其他股东在公司决策中的话语权也可能发生变化。这要求其他股东更加积极地参与公司治理，维护自身权益。
法律程序与合规性要求：
- 遵循破产法规定：整个破产清算过程必须严格遵循《中华人民共和国企业破产法》等相关法律法规的规定。清算组需要依法履行职责，确保清算程序的合法性和公正性。
- 信息披露与透明度：在破产清算过程中，公司需要保持高度的信息披露透明度，及时向所有股东和债权人通报清算进展和结果。这有助于维护市场秩序和投资者信心。
针对以上情况，我给出以下建议：
- 对于第二大股东而言，应积极配合清算组的工作，如实申报资产和债务情况，以便清算组能够准确评估其财务状况并制定合理的清算方案。
- 对于公司而言，应密切关注破产清算的进展情况，及时调整战略和业务模式以应对可能的风险和挑战。同时，加强与其他股东和债权人的沟通与合作，共同维护公司的稳定和发展。
- 对于其他股东而言，应保持冷静和理性，积极关注公司动态和清算进展情况。如有需要，可以寻求专业法律意见以维护自身权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。