结论：设施农用地上放置农具是否合法，需结合土地性质、用途规划及具体使用情况综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、设施农用地的定义与用途限制

根据《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》（自然资规〔2019〕4号），设施农用地是指农业生产中直接用于作物种植和畜禽水产养殖的设施用地，包括生产设施用地和辅助设施用地。其中：

1. 生产设施用地：直接用于作物种植（如温室、大棚）或畜禽水产养殖（如养殖圈舍、饲料存储设施）的用地。
2. 辅助设施用地：与生产直接关联的用地，如检验检疫监测、动植物疫病虫害防控、必要的管理用房、农资农机具存放场所等。

关键点：若农具存放属于辅助设施用地范畴（如与农业生产直接相关的农机具存放），且符合用地规模、选址等要求，则合法；若超出辅助设施用地范围（如将农具存放用于非农业用途或大规模堆放），则可能违法。

二、合法性判断的核心要素

1. 土地性质：

   • 设施农用地需为农用地（如耕地、园地、林地等），且未改变土地用途（如未硬化地面、未建设永久性建筑）。
   • 若土地性质为建设用地（如宅基地、集体建设用地），则需按建设用地管理规定使用，放置农具可能涉及违规。

2. 用途规划：

   • 需符合乡镇国土空间规划和村庄规划，且已纳入县级设施农业用地备案系统。
   • 未经备案或超出备案范围的用地行为可能被认定为违法。

3. 使用规模：

   • 辅助设施用地规模需控制在合理范围内（如种植类辅助设施用地占比不超过项目用地规模的5%，养殖类不超过10%）。
   • 超出规模的部分可能被要求整改或恢复原状。

三、常见违法情形及后果

1. 违法情形：

   • 在设施农用地上建设永久性建筑（如住宅、厂房）。
   • 将农具存放场所用于非农业用途（如仓储、物流）。
   • 未履行备案手续或擅自扩大用地规模。

2. 法律后果：

   • 根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除或没收地上建筑物，并可处罚款。
   • 若涉及改变土地用途（如将耕地转为非农业建设），还可能面临刑事责任（如非法占用农用地罪）。

四、实务建议

1. 核查土地性质与规划：

   • 通过当地自然资源部门查询土地性质（如是否为基本农田、是否纳入设施农用地备案）。
   • 确认用地是否符合乡镇国土空间规划要求。

2. 履行备案手续：

   • 签订用地协议后，向乡镇政府备案，并由乡镇政府汇总后报县级自然资源部门和农业农村部门。
   • 备案材料通常包括用地协议、设施建设方案、土地复垦方案等。

3. 规范使用行为：

   • 农具存放场所应保持临时性、可移动性，避免硬化地面或建设永久性结构。
   • 定期自查用地情况，确保不超出备案范围或改变用途。

总结：设施农用地上放置农具的合法性取决于土地性质、用途规划及使用规模。若符合辅助设施用地要求且履行备案手续，则合法；否则可能面临行政处罚甚至刑事责任。建议根据实际情况核查用地性质、规划及备案情况，必要时咨询专业律师或当地自然资源部门。