在农用地上建房存放农具是否违法，关键在于是否满足合法用地、符合规划和经过审批等条件，具体分为以下两种情况：
一、不算违法的情况
合法审批与规划：
- 若农户在农用地上建房存放农具前，已经过合法的审批程序，并取得了乡村建设规划许可证等必要文件，同时该建设符合当地的乡村建设规划和土地利用总体规划，则这种行为是合法的，不属于违法建筑。这要求农户在建房前需向村委会提出申请，经乡镇政府相关部门审核批准后，按照审批的位置、面积、高度等要求进行建设。
历史遗留问题处理：
- 对于因过去管理不规范等原因而存在的、未完善审批手续的存放农具房屋，若符合当地关于历史遗留建筑处理的相关政策，可通过补办手续或合理认定使其合法化。这类房屋虽未经正规审批，但长期存在且不影响公共利益和他人合法权益，因此通常不会被认定为违法建筑。
二、算违法的情况
未经审批擅自建设：
- 若农户未经任何合法审批程序，擅自在农用地上建设存放农具的房屋，则很可能被认定为违法建筑。特别是耕地受到严格保护，改变其用途进行非农业建设通常是不被允许的。根据《土地管理法》的相关规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
违反规划要求：
- 即使房屋经过了一定的申请程序，但若建设时违反了当地的乡村建设规划，如超出规定的建设范围、建筑高度、面积标准等，也可能被认定为违法建筑。例如，若当地规定存放农具的附属房屋面积不得超过一定数值，而实际建设面积超出该标准，则超出部分可能面临被拆除的风险。
非法用地：
- 如果存放农具的房屋所占用的土地是非法的，如侵占了他人的土地或违反了土地用途管制制度，那么该房屋同样可能被认定为违法建筑。合法用地是判断房屋是否为违法建筑的重要因素之一。
总结与建议
综上所述，在农用地上建房存放农具是否违法，需根据具体情况判断。农户在建房前应充分了解并遵守相关法律法规和政策要求，确保房屋建设的合法性。对于已存在的房屋，若不确定其性质，建议向我咨询或咨询当地的规划土地主管部门进行确认，以避免可能的法律风险和经济损失。同时，农户在建设过程中应严格按照审批的要求进行建设，不得擅自改变土地用途或超出规划范围进行建设。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。