农业设施用房经营农资是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 土地性质与用途：

   • 农业设施用房通常建设在农业用地上，其用途应严格符合土地规划及农业用途。若该设施用房的土地性质为农业用地，且按照相关规定用于农业生产活动，那么在此基础上经营农资（如种子、化肥、农药等农业生产资料）通常是合法的，因为这属于农业生产的配套服务。
   • 但需注意，如果农业设施用房的土地性质被擅自改变为非农业用地，或者虽然土地性质为农业用地但用于非农业经营活动（如开设商店、餐厅等），则可能构成违法用地或违法经营，此时经营农资也将不合法。

2. 经营许可与资质：

   • 经营农资通常需要取得相应的经营许可或资质。根据《农药管理条例》、《种子法》等相关法律法规，经营农药、种子等农资需要向相关部门申请许可或备案，并符合一定的条件（如具备相应的经营场所、仓储设施、专业人员等）。
   • 因此，即使农业设施用房的土地性质和用途符合规定，如果未取得相关经营许可或资质，擅自经营农资也可能构成违法经营。

3. 环保与安全要求：

   • 经营农资还可能涉及环保和安全问题。例如，农药的储存和使用需要符合环保要求，防止对土壤、水源等造成污染；同时，农资的经营场所也需要符合安全标准，防止发生火灾、爆炸等安全事故。
   • 如果农业设施用房在经营农资过程中违反了环保或安全要求，也可能面临法律责任。

建议：

• 在决定在农业设施用房中经营农资前，应首先确认土地性质和用途是否符合规定，并了解当地对农业设施用房经营农资的具体政策和要求。
• 确保取得必要的经营许可或资质，并符合环保和安全要求。
• 如有疑问或不确定之处，建议咨询当地农业、土地、环保等相关部门或专业律师，以确保合法合规经营。

若您在农业设施用房经营农资方面遇到法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我将根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。