关于公司收据上写明“种子预收款”的诉讼时效计算问题，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若该预收款涉及买卖合同关系（如种子采购）
   根据《民法典》第188条，诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。具体到预收款场景：

   • 若卖方未交付种子：买方可在约定交付期限届满后3年内起诉要求返还预收款；若未约定交付期限，则自买方催告后合理期限届满起算。
     
   • 若卖方部分交付或种子质量不符约定：买方需在发现质量问题后3年内主张权利（如要求补货、退款或赔偿）。
     关键点：需保留催告记录、合同、收据等证据，以证明时效起算点。

2. 若预收款性质存疑（如名为预收款，实为借贷）
   若双方无种子买卖合意，而是以“预收款”名义形成借贷关系，则适用3年诉讼时效，自还款期限届满或债权人首次主张权利后起算。
   风险提示：若收据未载明还款期限，债权人可随时要求返还，但需给对方合理准备时间；时效从对方拒绝返还之日起算。

3. 特殊情形：时效中断与延长

   • 中断：若在3年内曾向对方催款、协商或提起诉讼，时效重新计算3年。
     
   • 最长保护期：自权利受损之日起超过20年的，法院不予保护（特殊情况可申请延长）。
     

实务建议：

1. 立即整理收据、合同、沟通记录等证据，明确预收款性质及对方违约事实；
   
2. 若时效临近，可通过发律师函、协商还款计划等方式中断时效；
   
3. 具体案件需结合交易习惯、行业规范进一步分析，建议提供详细信息后进一步沟通。
   

如有其他细节需补充，可直接向我说明，我会为您细化分析。