核心结论：若快递运费被经理拿走，你可以根据具体情况采取以下措施：

1. 先尝试内部沟通解决
   • 了解情况：首先，你可以找个合适的时机，心平气和地与经理沟通，询问他拿走快递运费的原因。有可能是存在一些误会，比如经理误以为这笔费用是公司应承担的其他项目费用，或者是他暂时保管用于特定用途等。通过沟通，明确事情的真相，这是解决问题的第一步。
   • 表达诉求：如果沟通后发现是经理的不当行为，你可以明确地向经理表达你的诉求，要求他将拿走的快递运费归还给你。在表达时，要注意语气和方式，保持冷静和理性，避免情绪化的冲突，以增加解决问题的可能性。
2. 收集证据并向上级或公司相关部门反映
   • 收集证据：如果内部沟通无法解决问题，你需要收集相关的证据来支持你的主张。证据可以包括快递运费的支付凭证，如发票、收据、转账记录等，这些能证明这笔费用的实际支付情况；还可以有与快递相关的沟通记录，比如与快递员的聊天记录、快递单等，以证明这笔运费与你个人或特定业务相关。
   • 向上级反映：将收集到的证据整理好，向经理的上级领导反映情况。在反映时，要客观、真实地陈述事情的经过和你的诉求，避免夸大或歪曲事实。上级领导有责任和义务对下属的行为进行监督和管理，他们可能会介入调查并协调解决问题。
   • 向公司相关部门反映：如果公司有专门的监察部门、审计部门或人力资源部门等，你也可以向这些部门反映问题。这些部门通常具有独立的调查和处理权限，能够更专业、公正地处理此类纠纷。
3. 考虑通过法律途径解决
   • 判断是否构成侵权或违法：如果经理拿走快递运费的行为严重侵犯了你的财产权益，且公司内部无法解决，你可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。例如，如果经理的行为构成侵占罪（以非法占有为目的，将他人的交给自己保管的财物、遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交还的行为），你可以向公安机关报案；如果构成不当得利（一方没有合法根据，取得不当利益，造成他人损失的行为），你可以向法院提起民事诉讼，要求经理返还拿走的运费及可能产生的利息等损失。
   • 寻求法律帮助：在决定通过法律途径解决之前，建议你进一步梳理案件事实和证据，必要时可以向我详细咨询相关法律问题，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和指导，帮助你制定合理的维权策略。