公司对股东的变更有异议，通过法院诉讼时，案由通常取决于异议的具体内容和性质，但一般可能涉及“股东名册记载纠纷”或“请求变更公司登记纠纷”。以下是对这两种案由的详细分析：

1. 股东名册记载纠纷：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，股东名册是公司确认股东身份、记载股东信息的重要文件。如果公司对股东的变更未在股东名册上进行相应记载，或者记载有误，股东有权提起诉讼，要求公司更正股东名册。
   • 适用情形：当公司拒绝或未及时将新股东的信息记载于股东名册，或者错误地记载了股东信息，导致股东权益受到影响时，股东可以以此为由提起诉讼。

2. 请求变更公司登记纠纷：

   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司登记是公司对外公示其股东信息、股权结构等重要事项的方式。如果公司未依法办理股东变更登记，或者登记信息与实际情况不符，股东或相关利害关系人可以提起诉讼，要求公司办理变更登记。
   • 适用情形：当公司未按照法律规定或股东协议、公司章程的约定办理股东变更登记，导致股东权益无法得到保障，或者影响公司正常经营和对外关系时，相关方可以以此为由提起诉讼。

法律建议：

• 明确异议内容：在提起诉讼前，公司应首先明确对股东变更的具体异议内容，是股东名册记载有误，还是公司登记未变更，或者是其他相关问题。
• 收集证据：公司应收集相关证据，如股东协议、公司章程、股东会决议、工商登记资料等，以证明其异议的合理性和合法性。
• 咨询专业律师：由于股东变更涉及复杂的法律关系和程序，公司应咨询专业律师，了解具体的法律程序和诉讼策略，以确保其权益得到有效维护。

可能法律后果：

• 如果法院认定公司的异议成立，可能会判决公司更正股东名册或办理变更公司登记，从而维护股东的合法权益。
• 如果法院认定公司的异议不成立，可能会驳回公司的诉讼请求，公司需要承担相应的诉讼费用和可能的法律责任。

在实际操作中，公司应根据具体情况选择合适的案由提起诉讼，并遵循法律程序和规定，以确保其权益得到有效维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。