老板在两个自己公司之间进行短期借款时，在备注中应清晰、准确地反映借款的性质、金额、期限等关键信息，以确保交易的透明性和合法性，避免潜在的税务和法律风险。 具体来说，可以参考以下建议进行备注：

1. 明确借款性质：

   • 在备注中直接注明“短期借款”或“临时资金拆借”，以明确该笔款项的性质，避免与货款、投资款等其他性质的款项混淆。

2. 注明借款金额与期限：

   • 清晰标注借款的具体金额，如“借款金额：人民币XX万元”。
   • 注明借款的起止日期或借款期限，如“借款期限：自XXXX年XX月XX日至XXXX年XX月XX日”或“借款期限：XX天/月”。

3. 说明借款用途（可选）：

   • 如果可能，简要说明借款的具体用途，如“用于XX项目的临时资金周转”或“用于支付XX供应商的货款”。这有助于增强交易的真实性和合理性。

4. 约定利息与还款方式（如适用）：

   • 如果借款涉及利息，应在备注中明确约定利率和计息方式，如“年利率为XX%，按季付息”。
   • 注明还款方式，如“到期一次性还本付息”或“分期还款，具体还款计划见附件”。

5. 确保双方公司盖章确认：

   • 备注信息应作为借款合同或借款协议的一部分，或者至少应得到双方公司的书面确认（如通过邮件、传真或签字盖章的书面文件）。这有助于确保备注信息的法律效力和可执行性。

6. 遵守相关法律法规：

   • 在进行公司间借款时，应确保遵守相关法律法规，如《公司法》、《贷款通则》以及税务方面的规定。特别是要注意避免违反金融监管政策，如非法集资、高利贷等。

7. 考虑税务合规性：

   • 公司间借款可能涉及税务问题，如利息收入的税务处理、借款费用的税前扣除等。因此，在备注和借款合同中应明确税务处理方式，并确保符合税法规定。