结论：妻子起诉男方出轨时，男方是否会私下和小三一起商量，这取决于男方和小三的个人意愿及行为选择，法律上无法直接禁止或预测此类行为，但可以从法律角度分析可能的情况及后果。

分析角度一：法律对出轨行为的规范与约束

在法律上，出轨行为本身并不直接构成犯罪（除非涉及重婚等特定情形），但它可能成为离婚诉讼中判定夫妻感情破裂、过错方承担责任的重要依据。因此，男方和小三是否私下商量，从法律层面讲，并不直接影响出轨行为的法律定性，但可能影响法院对双方过错程度的判断。

具体说明：

• 如果男方和小三私下商量如何应对诉讼，比如统一口径、伪造证据等，这些行为一旦被发现，可能构成妨碍诉讼的行为，法院可以依法予以制裁，如罚款、拘留等。
• 如果男方和小三的商量内容涉及转移财产、隐匿资产等，以规避对妻子的经济赔偿责任，这些行为同样可能受到法律的制裁，且可能影响法院对财产分割的判决。

分析角度二：私下商量的实际效果与风险

从实际效果来看，男方和小三私下商量可能试图掩盖出轨事实或减轻自身责任，但这种行为往往难以完全保密，且可能因证据不足或矛盾百出而被法院识破。

具体说明：

• 私下商量可能导致双方陈述不一致，增加诉讼中的不确定性，反而对男方不利。
• 如果男方和小三的商量内容被妻子或其律师获取，并作为证据提交给法院，这将直接证明男方的过错行为，加重其在离婚诉讼中的不利地位。

分析角度三：法律建议与应对策略

对于妻子而言，如果怀疑男方出轨并可能私下与小三商量，可以采取以下策略：

具体建议：

1. 收集证据：积极收集男方出轨的证据，如聊天记录、照片、视频等，以及男方和小三可能私下商量的相关证据。
2. 咨询律师：及时咨询专业律师，了解自身权益和诉讼策略，以便在离婚诉讼中更好地维护自己的利益。
3. 保持冷静：在诉讼过程中保持冷静和理性，避免情绪化行为影响诉讼结果。

对于男方而言，如果确实存在出轨行为并可能面临诉讼，应认识到私下与小三商量并非明智之举，而应积极面对现实，寻求合法途径解决问题，如与妻子协商离婚、承担相应责任等。

总结与进一步思考：

妻子起诉男方出轨时，男方是否私下和小三商量是一个复杂且多变的问题，它涉及法律、道德、心理等多个层面。从法律角度来看，私下商量本身并不违法，但可能因行为性质而受到法律制裁或影响诉讼结果。因此，建议双方在面对此类问题时，保持理性、尊重法律，通过合法途径解决问题。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。