结论：海员合同期未满下船，公司扣差旅费不报销还扣1400元是否合理，需根据合同具体条款、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同条款角度
- 合同有明确约定：如果海员与公司签订的合同中明确规定，在合同期未满时海员自行下船，公司有权扣除差旅费且额外扣除一定金额（如1400元），那么从合同自治原则出发，公司的行为在一定程度上具有合理性。但这种约定不能违反法律法规的强制性规定，例如不能约定过高的违约金或不合理地加重海员的责任。
- 举例：合同中约定“若海员在合同期未满时擅自离职，公司有权扣除已支付的差旅费，并额外扣除相当于一个月工资的违约金（假设海员月工资为1400元）”，这种情况下公司扣除1400元可能是合理的。
- 合同无明确约定：若合同中没有关于合同期未满下船扣除差旅费及额外费用的相关条款，公司擅自扣除这些费用则缺乏合同依据，属于不合理行为。海员可以依据合同约定，要求公司按照合同履行报销差旅费的义务，并返还扣除的1400元。
二、公司规章制度角度
- 规章制度合法有效且已告知：如果公司有合法有效的规章制度，且该制度明确规定了在海员合同期未满下船时的费用扣除标准，并且公司能够证明该规章制度已经通过合理的方式（如培训、公示等）告知了海员，那么公司按照规章制度扣除费用可能是合理的。
- 法律依据：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条，用人单位通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为确定双方权利义务的依据。
- 规章制度不合法或未告知：若公司的规章制度违反了法律法规的强制性规定，或者没有通过合理方式告知海员，那么该规章制度对海员不具有约束力，公司不能依据该制度扣除费用。
三、法律法规角度
- 差旅费报销：从劳动法律法规的角度来看，如果差旅费是海员因工作需要产生的合理费用，且公司承诺报销，那么公司应当按照约定进行报销。公司以海员合同期未满下船为由拒绝报销差旅费，缺乏法律依据。
- 额外扣除费用：公司额外扣除的1400元，如果属于违约金性质，根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。如果公司无法证明因海员合同期未满下船给其造成了1400元的损失，那么该扣除行为可能不合理。
建议
- 与公司协商：你可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除费用的依据和理由，并出示相关的合同条款、规章制度等文件。如果公司能够提供合理的依据，你可以与公司进一步协商解决方案；如果公司无法提供合理依据，你可以要求公司返还扣除的费用并报销差旅费。
- 申请劳动仲裁：如果协商无果，你可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，提交相关证据（如劳动合同、差旅费票据、公司扣除费用的通知等），要求仲裁委员会裁决公司返还扣除的费用并报销差旅费。
- 提起诉讼：如果你对劳动仲裁裁决结果不满意，还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
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