在建设工程合同纠纷中，若包装数量与实际不符，赔偿问题主要依据合同条款、相关法律法规以及实际损失情况来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、合同条款的约定

1. 明确约定：如果建设工程合同中明确约定了包装数量的标准以及不符时的赔偿方式，那么双方应首先按照合同约定执行。例如，合同可能规定，若包装数量短缺超过一定比例，承包方需按短缺数量的价值进行赔偿，或者承担重新包装的费用等。

2. 未明确约定：若合同中未明确约定包装数量不符时的赔偿方式，则需依据相关法律法规及行业惯例来确定赔偿标准。

二、相关法律法规的适用

1. 《中华人民共和国民法典》：作为民事法律的基本法，民法典中关于合同违约、损害赔偿等规定适用于此类纠纷。若包装数量不符构成违约，违约方需承担赔偿损失等违约责任。具体赔偿金额可能包括直接损失（如因包装数量不足导致的额外采购成本、运输费用等）和间接损失（如因包装问题导致的工程延误损失等）。

2. 《中华人民共和国消费者权益保护法》（虽主要针对消费者，但部分原则可借鉴）：虽然该法主要规范消费者与经营者之间的关系，但其中关于欺诈行为的惩罚性赔偿原则（如第五十五条）在建设工程合同纠纷中，若存在故意隐瞒包装数量等欺诈行为时，可借鉴其精神来确定赔偿标准。不过，在建设工程领域，更侧重于依据合同法和相关行业法规来处理。

3. 行业法规与标准：建设工程行业有其特定的法规和标准，如关于包装、运输、验收等方面的规定。若包装数量不符违反了这些规定或标准，也可能成为确定赔偿责任的依据。

三、实际损失情况的考量

1. 直接损失：包括因包装数量不足而额外产生的采购成本、运输费用、重新包装费用等。这些损失应直接由违约方承担。

2. 间接损失：如因包装问题导致的工程延误、停工等损失，也可能需要违约方进行赔偿。不过，间接损失的赔偿通常需要证明其与包装数量不符之间的因果关系，且赔偿范围可能受到合同约定或法律规定的限制。

四、赔偿方式的建议

1. 协商解决：在发生包装数量不符的情况时，双方应首先尝试通过协商来解决赔偿问题。协商时，可以依据合同条款、相关法律法规及实际损失情况来确定赔偿金额和方式。

2. 调解或仲裁：若协商无果，双方可以考虑通过调解或仲裁来解决纠纷。调解和仲裁都是相对快速、灵活且保密性较强的纠纷解决方式。

3. 诉讼：作为最后的救济手段，若其他方式均无法解决问题，双方可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院将依据合同条款、相关法律法规及证据情况来判决赔偿金额和方式。

在实际操作中，建议双方在签订合同时就明确约定包装数量的标准及不符时的赔偿方式，以减少纠纷的发生。若发生纠纷，应及时收集证据并咨询专业律师（即我本人）的意见，以便更好地维护自己的合法权益。