虚开普通发票3万被罚款5万，主要因为罚款金额的确定不仅考虑虚开发票的金额，还涉及违法情节、社会危害性及税务机关的自由裁量权，具体分析如下：

1. 罚款依据与计算方式
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。

   • 若虚开金额为3万元，已超过1万元的基准线，税务机关可直接在5万至50万元的区间内处罚。
     
   • 罚款5万元属于该区间的下限，可能是税务机关综合考量了违法情节较轻（如首次违法、未造成严重后果等）后的结果。

2. 违法情节与社会危害性
   罚款金额并非仅由虚开金额决定，还需结合以下因素：

   • 主观恶意：是否故意虚开、是否存在隐瞒或欺骗行为；
     
   • 后果严重性：是否导致国家税款流失、是否扰乱市场秩序；
     
   • 配合程度：是否主动补缴税款、配合调查等。
     若虚开行为虽金额不大，但存在多次违法、拒不改正等情节，罚款可能更重；反之，若情节轻微且积极整改，可能从轻处罚。

3. 税务机关的自由裁量权
   法律赋予税务机关在一定幅度内自由裁量的权力，以适应不同案件的具体情况。例如：

   • 地方性法规或规章可能对罚款幅度有细化规定；
     
   • 税务机关会参考同类案件的处罚标准，确保公平性。
     因此，即使虚开金额相同，不同地区或不同案件的罚款金额可能存在差异。

建议：若对罚款金额有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求税务机关提供处罚依据及裁量理由。如有其他疑问，欢迎直接向我咨询。