结论：关于原有果园在96年之前砍伐变为耕地，且不在二轮承包范围内却发放了确权证是否合法的问题，这并非一个简单的“合法”或“不合法”能概括的，需要从多个角度进行详细分析。

分析角度一：土地用途变更的合法性

1. 土地用途变更程序：根据相关法律法规，土地用途的变更通常需要经过一定的审批程序。果园变为耕地，属于土地用途的变更，如果这一变更经过了合法的审批程序，那么变更本身是合法的。
2. 未经审批的变更：如果果园变为耕地并未经过合法的审批程序，那么这一变更就是非法的。在此情况下，即使后续发放了确权证，也可能因为土地用途变更的非法性而面临法律挑战。

分析角度二：确权证的发放依据

1. 确权证发放的合法性基础：确权证的发放通常基于土地的实际使用情况和相关法律法规。如果果园变为耕地后，该土地仍然符合确权证发放的条件（如土地权属清晰、无争议等），且变更过程合法，那么发放确权证是合法的。
2. 确权证发放的瑕疵：如果确权证的发放存在瑕疵，如未核实土地用途变更的合法性、未考虑土地权属争议等，那么确权证的合法性就可能受到质疑。在此情况下，相关权利人可以通过法律途径申请撤销或变更确权证。

分析角度三：二轮承包的范围与确权证的关系

1. 二轮承包的范围：二轮承包通常指的是农村土地的第二轮承包，其范围通常由政府或相关部门确定。如果果园变为耕地后，该土地不在二轮承包范围内，那么这并不意味着该土地不能确权。确权证发放的依据是土地的实际使用情况和相关法律法规，而非仅仅基于二轮承包的范围。
2. 确权证与二轮承包的独立性：确权证和二轮承包是两个相对独立的概念。确权证是对土地权属的确认，而二轮承包则是对土地使用权的分配。因此，即使土地不在二轮承包范围内，只要其权属清晰、无争议，且符合确权证发放的条件，就可以发放确权证。

建议与行动指南：

• 核实土地用途变更的合法性：首先，需要核实果园变为耕地的过程是否经过了合法的审批程序。如果未经审批，那么需要尽快补办相关手续或面临法律风险。
• 审查确权证的发放依据：其次，需要审查确权证的发放是否基于合法的土地用途变更和清晰的土地权属。如果存在瑕疵或争议，可以通过法律途径申请撤销或变更确权证。
• 咨询专业法律意见：由于土地问题涉及复杂的法律法规和政策规定，建议咨询专业律师以获取更具体、更准确的法律意见。

后续可能法律后果：

• 如果土地用途变更非法且确权证发放存在瑕疵，相关权利人可能面临确权证被撤销、土地被收回等法律后果。
• 如果土地用途变更合法且确权证发放无误，那么相关权利人可以依法享有土地的使用权和收益权。

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