建设单位对专业分包单位农民工工资支付与劳务分包单位资金支付的责任并不相同。以下是对这一问题的详细分析：
一、支付责任主体的差异
劳务分包单位：
- 劳务分包单位作为直接雇佣农民工的主体，负有首要支付责任。它必须按照劳动合同约定的周期和数额，按时、足额将工资支付给农民工本人。若劳务分包单位拖欠农民工工资，将承担相应的法律责任，包括但不限于罚款、吊销营业执照等。
建设单位：
- 建设单位在农民工工资支付方面的责任主要体现在工程款的拨付上。它应按合同约定及时拨付工程款给工程总承包单位或劳务分包单位（具体取决于合同约定和实际情况）。若因建设单位未按时支付工程款导致农民工工资拖欠，建设单位应以未结清的工程款为限先行垫付被拖欠的农民工工资。但建设单位并不直接对农民工工资的支付承担首要责任，其责任是间接的，且以未结清的工程款为限。
二、支付机制与保障措施的差异
劳务分包单位：
- 劳务分包单位需按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，交工程总承包单位通过专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户。这一机制确保了农民工工资的直接支付和透明性。
建设单位：
- 建设单位在支付机制上的主要作用是确保工程款的及时拨付。它并不直接参与农民工工资的支付过程，而是通过与工程总承包单位或劳务分包单位的合同关系来间接影响农民工工资的支付。此外，建设单位可能需按照有关规定存储工资保证金（如果合同中有约定或地方性法规有要求），但这一制度更多是针对工程总承包单位或劳务分包单位，而非直接针对建设单位。
三、法律责任与追偿的差异
劳务分包单位：
- 若劳务分包单位拖欠农民工工资，将面临严厉的法律制裁，包括但不限于罚款、吊销营业执照等。同时，工程总承包单位在先行清偿农民工工资后，有权依法向劳务分包单位进行追偿。
建设单位：
- 建设单位若因未按时支付工程款导致农民工工资拖欠，虽需以未结清的工程款为限先行垫付，但其法律责任相对较轻。且建设单位在垫付后，通常不会直接向农民工追偿，而是可能通过与工程总承包单位或劳务分包单位的合同关系来寻求解决。
总结与建议：
建设单位对专业分包单位农民工工资支付与劳务分包单位资金支付的责任并不相同。建设单位主要承担工程款拨付的责任，并在特定情况下（如未按时支付工程款导致农民工工资拖欠）承担先行垫付的责任。而劳务分包单位则作为直接雇佣农民工的主体，负有首要支付责任。
在实际操作中，各相关方应严格遵守法律法规和合同约定，确保农民工工资按时、足额支付。若遇到农民工工资拖欠问题，建议及时咨询专业律师，了解自身权益和维权途径。作为赵文帝律师，我擅长处理劳动工伤（工资福利）等领域的法律问题，若您有相关疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。