合同中注明了仲裁条款的情况下，当事人原则上不能直接向法院起诉，而应通过仲裁解决纠纷。但在特定法定情形下，当事人可以向法院提起诉讼。以下是对这一问题的详细分析：

一、仲裁条款有效时的处理原则

1. 仲裁条款的效力：

   • 合同中明确约定了仲裁条款，且该条款内容符合法律法规的要求，具有法律约束力。
   • 有效的仲裁条款应包含请求仲裁的意思表示、明确的仲裁事项以及选定的仲裁委员会。

2. 仲裁的自愿性原则：

   • 当事人采用仲裁方式解决纠纷应基于双方自愿，并达成仲裁协议。
   • 无仲裁协议时，一方申请仲裁，仲裁委员会将不予受理。

3. 仲裁条款的执行：

   • 合同中约定了仲裁条款，在发生合同纠纷时，当事人必须按照约定申请仲裁解决纠纷。
   • 根据《中华人民共和国仲裁法》第五条，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。

二、可以起诉的特殊情形

尽管合同中约定了仲裁条款，但在以下特殊情形下，当事人可以向法院提起诉讼：

1. 仲裁协议无效：

   • 超出法定仲裁范围：如涉及婚姻、收养、监护、抚养、继承等纠纷，这些不属于仲裁范围。
   • 无民事行为能力或限制民事行为能力人订立：如未成年人未经法定代理人同意签订的仲裁协议。
   • 胁迫手段订立：如通过暴力威胁等手段迫使对方签订的仲裁协议。
   • 仲裁机构不明确或不存在：如果仲裁条款中约定的仲裁机构不明确或不存在，也可能导致仲裁协议无效。

2. 放弃仲裁协议：

   • 如果一方向法院起诉时，没有向法院声明双方存在仲裁协议，而另一方在首次开庭前也未对法院受理该案提出异议，那么这将被视为双方放弃了仲裁协议。此时，法院可以继续审理该案。

3. 仲裁裁决被撤销或不予执行：

   • 仲裁裁决作出后，并非终局。当事人如果认为仲裁裁决存在错误或违反法律规定等情况，可以向法院申请撤销或不予执行仲裁裁决。
   • 若法院裁定撤销或不予执行仲裁裁决，当事人可以就同一纠纷向人民法院提起诉讼。根据《中华人民共和国仲裁法》第五十八条，当事人提出证据证明裁决有法定情形之一的，可以向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决。

三、实际操作建议

1. 审查仲裁协议的有效性：

   • 在处理涉及仲裁协议的纠纷时，当事人应首先审查仲裁协议的有效性。如果仲裁协议有效，则应依约通过仲裁解决纠纷。

2. 考虑起诉的特殊情形：

   • 如果仲裁协议无效或存在其他特定情形（如放弃仲裁协议、仲裁裁决被撤销等），则可以考虑向法院提起诉讼。

3. 寻求专业法律帮助：

   • 在处理复杂的合同纠纷时，建议当事人咨询专业律师以获取更准确的法律意见和指导。作为专业律师，我可以为你提供合同纠纷领域的法律咨询和帮助。

综上所述，合同中注明了仲裁条款的情况下，当事人应遵守仲裁协议的约定，通过仲裁解决纠纷。但在特定法定情形下，当事人仍有向法院提起诉讼的权利。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。