当您的非法营运车辆被扣押后，而营运证又在这期间下来了，您可以按照以下步骤来处理这一问题：

一、确认扣车详情与营运证状态

首先，您需要确认是哪个部门扣押了您的车辆，并向执法人员索要详细的扣车凭证，上面应注明扣车的原因、依据及期限。同时，核实您的营运证是否已经正式下发，并确保其有效性。

二、积极配合调查并展示营运证

接到扣车通知后，您应尽快前往指定部门配合调查。在调查过程中，除了携带有效身份证件外，还应主动出示新下发的营运证，以证明您现在已经具备了合法营运的资格。同时，如实陈述车辆被扣前的营运情况，以及营运证办理的过程。

三、了解并接受可能的处罚

尽管您现在已经取得了营运证，但之前的非法营运行为仍然可能面临处罚。根据相关法律法规，您可能需要缴纳罚款、没收违法所得等。在此过程中，您应诚恳接受处罚，表达对错误的认识，并保证今后将合法合规运营。

四、申请取回车辆

在接受处罚并完成相关手续后，您可以向执法部门申请取回被扣押的车辆。在申请时，提供营运证作为合法营运的证明，并按照执法部门的要求办理取车手续。取车时，请仔细检查车辆状况，确保车辆没有因扣押而遭受损坏或缺失。

五、咨询专业律师（如需）

如果您在处理过程中遇到任何法律问题或疑虑，建议咨询专业律师。他们可以提供更准确的法律意见，帮助您更好地维护自己的合法权益。

六、加强法规学习，确保合规运营

为了避免再次陷入类似困境，您应加强相关法律法规的学习，确保自己的营运行为始终符合法律要求。同时，定期关注政策变化，及时调整运营策略，以适应市场环境和法律要求。

综上所述，当您的非法营运车辆被扣押后而营运证又下来了，您应积极配合调查、展示营运证、接受处罚、申请取回车辆，并在必要时咨询专业律师。同时，加强法规学习，确保今后的营运行为合法合规。