股东发现公司有违法行为，可以通过以下方式书面告知公司，并确保告知行为合法有效：

一、书面告知的必要性

股东作为公司的投资者和所有者，有权对公司运营进行监督。当发现公司存在违法行为时，股东有责任和义务向公司提出书面告知，以促使公司及时纠正错误，避免法律风险进一步扩大。书面告知不仅具有法律效力，还能为后续可能的法律行动提供证据支持。

二、书面告知的内容要点

1. 明确违法行为：在书面告知中，股东应详细描述所发现的违法行为，包括违法行为的性质、时间、地点、涉及人员等关键信息。确保描述准确无误，避免模糊或歧义。

2. 提供证据支持：股东应尽可能提供与违法行为相关的证据，如合同、文件、照片、录音、视频等。这些证据将有助于公司了解违法行为的真实情况，并采取相应的纠正措施。

3. 提出纠正建议：股东可以在书面告知中提出具体的纠正建议，如要求公司立即停止违法行为、赔偿损失、改进内部管理机制等。这些建议应具有合理性和可行性，以便公司能够接受并实施。

4. 设定合理期限：股东可以设定一个合理的期限，要求公司在该期限内对违法行为进行纠正，并回复股东。这有助于确保公司及时采取行动，避免问题进一步恶化。

三、书面告知的发送方式

1. 正式函件：股东可以撰写一封正式的函件，详细阐述上述内容要点，并加盖股东个人印章或签名。函件应通过邮寄、快递或电子邮件等方式发送给公司法定代表人或董事会秘书等负责人员。

2. 电子邮件：如果股东与公司之间有电子邮件沟通的习惯，且电子邮件地址可靠有效，股东也可以通过电子邮件发送书面告知。在发送电子邮件时，应确保邮件内容完整、清晰，并附上相关证据材料。

四、书面告知后的跟进措施

1. 保留证据：股东应妥善保管书面告知的原件及发送凭证（如邮寄回执、电子邮件发送记录等），以备后续可能的法律行动之需。

2. 关注公司回复：股东应密切关注公司在合理期限内的回复情况。如果公司未在规定期限内回复或未采取有效纠正措施，股东可以考虑采取进一步的法律行动。

3. 寻求法律援助：如果股东对公司的违法行为或回复情况存在疑虑或不满，且无法通过协商解决，股东可以寻求法律援助，如咨询专业律师或向相关监管机构投诉举报。

五、法律风险提示

1. 股东责任：股东在书面告知公司违法行为时，应确保所提供的信息真实、准确、完整。如果股东故意提供虚假信息或误导性信息，可能承担相应的法律责任。

2. 公司反应：公司可能对股东的书面告知采取不同的反应态度。如果公司积极纠正违法行为并回复股东，则问题可能得到妥善解决；如果公司拒绝纠正或未采取有效措施，股东可能需要考虑采取进一步的法律行动来维护自身权益。

作为李宁律师，我建议股东在发现公司有违法行为时，及时采取书面告知的方式向公司提出，并保留好相关证据材料。如果公司未采取有效纠正措施或股东对公司的回复情况存在疑虑，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。