无害通过制度和过境通行制度在国际法中是两个不同的概念，它们主要在适用范围、通过条件以及沿海国的权利与义务等方面存在区别。以下是对这两个制度的详细解析：
一、适用范围
无害通过制度：
- 主要适用于外国船舶在他国领海内的通行。领海是沿海国主权管辖下与其海岸或内水相邻的一定宽度的海域，是国家领土的组成部分。
过境通行制度：
- 适用于在用于国际航行的海峡中，外国船舶和飞机连续不停地迅速通过海峡的航行和飞越。这种海峡通常连接公海或专属经济区的一部分和公海或专属经济区的另一部分，对国际航行具有重要性。
二、通过条件
无害通过制度：
- 外国船舶在通过领海时，必须连续不停地迅速进行，不得停泊或下锚，除非因不可抗力或遇难所必需。
- 外国船舶在通过领海时，不得从事任何危害沿海国和平、良好秩序或安全的行为，如捕鱼、研究或测量、干扰沿海国通讯系统、进行军事演习等。
过境通行制度：
- 外国船舶和飞机在过境通行时，应毫不迟疑地迅速通过海峡，不得无故停留或从事与通过无关的活动。
- 过境通行应遵守国际法，特别是《联合国海洋法公约》的相关规定，不得损害海峡沿岸国的和平、良好秩序或安全。
三、沿海国的权利与义务
无害通过制度：
- 沿海国有权制定有关无害通过的法律和规章，并可以规定海道和实行分道航行制，以确保外国船舶的无害通过不损害其利益。
- 沿海国也有权对违反无害通过制度的外国船舶采取必要的措施。
- 沿海国不应妨碍外国船舶在其领海内的无害通过，并应将其所知的海峡内或海峡上空对航行或飞越有危险的任何情况妥为公布。
过境通行制度：
- 海峡沿岸国应尊重并保障过境通行权，不得对过境通行设置障碍或进行歧视性待遇。
- 海峡沿岸国可以制定关于海峡内航行和飞越的法律和规章，但这些法律和规章不应妨碍过境通行，并应符合国际法。
- 在紧急情况下，海峡沿岸国可以采取必要的措施，以保障其安全或维护秩序，但这些措施应尽可能不干扰过境通行。
四、特殊情形下的限制
无害通过制度：
- 在某些特定情况下，如沿海国出于国家安全或其他重要利益的考虑，可以对无害通过制度进行一定的限制。然而，这些限制必须符合国际法的基本原则和规定，并且不得歧视性地针对某一国家或某一类船舶。
过境通行制度：
- 在用于国际航行的海峡中，如果存在对航行或飞越构成危险的障碍物或活动，海峡沿岸国应尽早采取措施消除或减轻这些危险。
- 在特殊情况下，如海峡沿岸国面临严重的安全威胁时，可以采取临时性的限制措施，但这些措施应尽可能不干扰过境通行，并应符合国际法。
总结与建议：
无害通过制度和过境通行制度在国际法中各自具有独特的地位和作用。无害通过制度主要适用于领海内的外国船舶通行，而过境通行制度则适用于国际航行海峡中的外国船舶和飞机通行。两者在通过条件、沿海国的权利与义务以及特殊情形下的限制等方面均存在显著差异。
在实际应用中，应准确理解和把握这两个制度的内涵和适用范围，以确保国际航行的安全和顺畅。如果您在涉外法律事务中遇到相关问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问，我将竭诚为您提供专业的法律服务。