在民间借贷纠纷还款时，单方注明为本金的行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若双方对此无争议：
   如果借款人和出借人在还款时均认可该笔款项为本金，且无其他争议，那么单方注明为本金的行为是合法有效的。此时，双方的意思表示一致，符合合同自由原则，法律不会干预。

2. 若双方对此存在争议：
   如果还款时单方注明为本金，但另一方不认可，认为该笔款项应包含利息或部分利息，那么此时需要依据相关法律规定和合同约定来判断。

   • 根据《民法典》及相关司法解释：在民间借贷中，如果双方对还款性质有争议，且没有明确约定，法院通常会按照“先息后本”的原则进行裁判。即，还款先用于抵扣利息，剩余部分再抵扣本金。
     
   • 若合同中有明确约定：如果借款合同或还款协议中明确约定了还款顺序（如先还本金后还利息，或反之），则应按照合同约定执行。此时，单方注明为本金的行为，如果与合同约定一致，则是合法的；如果不一致，则可能因违反合同约定而被认定为无效。

3. 实务建议：

   • 明确约定还款顺序：为避免争议，建议在借款合同或还款协议中明确约定还款顺序，如“还款先用于抵扣利息，剩余部分抵扣本金”或“还款直接抵扣本金”等。
     
   • 保留还款证据：无论是单方注明为本金还是其他情况，都应保留好还款凭证，如转账记录、收条等，以便在发生争议时证明还款事实。
     
   • 及时沟通确认：如果还款时单方注明为本金，但另一方有异议，应及时沟通并确认还款性质，必要时可签订补充协议或进行公证，以避免后续纠纷。

总结：单方注明为本金的行为是否合法，取决于双方是否有争议以及合同是否有明确约定。在实务中，为避免争议，建议明确约定还款顺序并保留好还款证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。