结论：拆迁方仅依据人工测量数据对持有国土资源部颁发不动产证的农村被拆迁人进行补偿，这一做法不合法。以下从多个角度进行分析：

一、不动产证的法律效力

不动产证，即不动产权属证书，是权利人享有该不动产物权的证明。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产权属证书是权利人享有物权的凭证，具有法律效力。在农村房屋拆迁中，不动产证是确定房屋权属、面积等关键信息的重要依据。因此，拆迁方在补偿时应当以不动产证上记载的信息为准。

二、人工测量数据的局限性

人工测量数据虽然在一定程度上可以反映房屋的实际情况，但其准确性受多种因素影响，如测量人员的专业水平、测量工具的精度、测量环境等。与不动产证上记载的信息相比，人工测量数据可能存在误差，甚至可能被人为操纵。因此，仅凭人工测量数据来确定补偿标准，可能无法保障被拆迁人的合法权益。

三、拆迁补偿的合法原则

拆迁补偿应当遵循合法、公平、公正的原则。拆迁方在补偿时，应当依据法律法规的规定，结合被拆迁房屋的实际情况，合理确定补偿标准。如果拆迁方仅依据人工测量数据来确定补偿标准，而忽视了不动产证的法律效力，那么这一做法就违反了合法原则，可能损害被拆迁人的合法权益。

四、被拆迁人的维权途径

如果被拆迁人认为拆迁方的补偿行为不合法，可以通过以下途径进行维权：

1. 与拆迁方协商：首先，被拆迁人可以尝试与拆迁方进行协商，要求拆迁方依据不动产证上记载的信息进行补偿。
2. 申请行政复议：如果协商无果，被拆迁人可以向相关行政机关申请行政复议，要求撤销或变更拆迁方的补偿决定。
3. 提起行政诉讼：如果行政复议也无法解决问题，被拆迁人可以向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径来维护自己的合法权益。

五、建议与注意事项

1. 保留证据：被拆迁人在拆迁过程中应当保留好不动产证等相关证据材料，以便在维权时能够提供有力的支持。
2. 及时咨询：如果被拆迁人对拆迁补偿有疑问或不满，应当及时咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径。
3. 理性维权：在维权过程中，被拆迁人应当保持理性，避免采取过激行为，以免给自己带来不必要的麻烦。

综上所述，拆迁方仅依据人工测量数据对持有国土资源部颁发不动产证的农村被拆迁人进行补偿是不合法的。被拆迁人应当了解自己的权益和维权途径，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。