自然资源局开出的违约金通知书，在性质上通常不属于行政罚款，但具体需结合通知书的内容及法律性质来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 定义与性质差异：

   • 行政罚款：是行政机关对违反行政管理秩序的公民、法人或其他组织，依法处以一定数额金钱的行政处罚。它具有惩罚性，旨在通过经济制裁来纠正和惩戒违法行为。
   • 违约金：通常是基于合同关系，当一方未履行或未完全履行合同义务时，按照合同约定向对方支付的一定数额的金钱。它具有补偿性，旨在弥补因违约行为给对方造成的损失。

2. 法律关系基础：

   • 如果自然资源局开出的违约金通知书是基于其与相对人之间的合同关系（如土地出让合同、矿产资源开采合同等），且通知书中的违约金条款是合同的一部分，那么该通知书更可能被视为合同违约的处理，而非行政处罚。
   • 如果自然资源局开出的通知书并非基于合同关系，而是基于其作为行政机关的职权，对相对人的违法行为进行处罚，且该通知书明确表述为“行政罚款”或具有类似性质的表述，那么该通知书则可能构成行政罚款。

3. 法律程序与救济途径：

   • 对于行政罚款，相对人通常有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
   • 对于基于合同关系的违约金，相对人则可能需要根据合同法的规定，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决争议。

4. 实务判断要点：

   • 审查通知书内容：查看通知书是否明确提及了“行政罚款”或类似表述，以及是否引用了具体的行政处罚法律法规。
   • 审查法律关系：分析自然资源局与相对人之间是否存在合同关系，以及违约金条款是否属于合同的一部分。
   • 审查程序合法性：如果通知书被视为行政处罚，需审查其是否遵循了行政处罚的法定程序，如立案、调查、告知、听证、决定等。

建议：

• 如果您收到了自然资源局开出的违约金通知书，并对其性质有疑问，建议首先仔细审查通知书的内容，了解其法律依据和具体条款。
• 如果通知书涉及合同关系，且您认为违约金的数额或计算方式存在争议，可以考虑通过协商、调解或诉讼等方式来解决。
• 如果通知书被视为行政处罚，且您认为该处罚不合法或不合理，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的权益。

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