协议没按指纹，在一般情况下仍然是有效的。不过，协议的具体效力还需根据协议内容、签订过程以及是否存在特殊约定等因素来综合判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律对协议生效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，协议的生效并不以按指纹为必要条件。合同的有效性主要取决于以下几个关键因素：
行为人具有相应的民事行为能力：签订协议的当事人必须是具备完全民事行为能力的成年人，或者限制民事行为能力人但经过法定代理人同意或追认，能够清晰认识自己行为的性质和后果。
意思表示真实：当事人签订协议必须是其真实自愿的想法，不存在欺诈、胁迫等情形。这是保障协议双方权益，防止不公平协议产生的重要原则。
不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：协议内容必须合法合规，不能是违法犯罪的约定，也不能违背社会公德和善良风俗。
二、签字、盖章与按指纹的法律效力
在签订协议时，签字、盖章或按指纹中的任何一种方式都能使合同成立，它们具有同等的法律效力。这意味着，即使协议没有按指纹，只要签字或盖章真实有效，且满足上述生效条件，协议仍然是有效的。
三、特殊情况下的协议效力
协议中有特别约定：如果协议中明确约定了必须双方签字并按指纹才能生效，那么在这种情况下，只签字不按指纹的协议可能无法生效。因为双方已经通过协议明确约定了生效条件，必须严格遵守。
协议内容存在违法违规条款：如果协议内容存在违法违规条款，或者协议的签订过程中存在欺诈、胁迫等情形，那么这份协议的效力也可能受到影响。这种情况下，即使协议已经签字或盖章，也可能因为违反法律法规或公序良俗而被认定为无效。
四、实际案例与建议
以房屋租赁合同为例，如果双方仅在合同上签字确认，没有按指纹，但满足上述生效条件，那么该租赁合同仍然是有效的。法院在审理此类案件时，通常会认定签字作为合同成立的一种方式，已足够使合同生效。
建议：
综上所述，协议没按指纹并不一定影响其效力，关键在于协议是否满足生效条件以及是否存在特殊约定。如有任何法律疑问或需要进一步的帮助，请随时向我提问。