在男女朋友因亲子关系纠纷告上法庭后，亲子鉴定的费用一般由提出鉴定申请的一方先行垫付，最终根据鉴定结果和案件具体情况由法院判决承担方。以下是对这一问题的详细分析：
费用垫付原则：
- 在诉讼过程中，如果一方提出亲子鉴定的申请，通常需要由该方先行垫付鉴定费用。这是因为鉴定申请是由该方提出的，其有责任确保鉴定的顺利进行，并承担相应的费用。
费用承担判决：
- 鉴定结果出来后，法院会根据鉴定结果以及案件的具体情况，判决亲子鉴定费用的最终承担方。
- 如果鉴定结果支持了提出鉴定申请的一方的主张（例如，确认了亲子关系），那么费用可能会由另一方承担，或者由双方根据具体情况分担。
- 如果鉴定结果不支持提出鉴定申请的一方的主张（例如，否认了亲子关系），那么费用通常由提出鉴定申请的一方自行承担。
特殊情况考虑：
- 在某些特殊情况下，如一方经济困难或存在其他合理理由，法院可能会根据公平原则，判决双方共同承担或由另一方承担部分费用。
- 另外，如果双方在诉讼前已经就亲子鉴定费用达成协议，那么法院在判决时可能会考虑该协议的内容。
实际操作建议：
- 在提出亲子鉴定申请前，建议双方先进行协商，明确费用的承担方式和比例，以避免后续纠纷。
- 如果协商不成，可以在诉讼过程中向法院提出费用承担的请求，并提供相关证据支持自己的主张。
举例说明：
假设男女朋友因亲子关系纠纷告上法庭，男方提出亲子鉴定申请并垫付了费用。鉴定结果确认了亲子关系，且法院认为女方应承担部分责任（如因女方的不当行为导致纠纷产生），那么法院可能会判决女方承担部分或全部鉴定费用。反之，如果鉴定结果否认了亲子关系，且法院认为男方提出鉴定申请缺乏合理依据，那么费用可能由男方自行承担。
总结与建议：
亲子鉴定费用的承担问题需要根据鉴定结果和案件具体情况由法院判决。在提出鉴定申请前，双方应尽可能协商明确费用的承担方式和比例。如果协商不成，可以在诉讼过程中向法院提出请求，并提供相关证据支持自己的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。