结论：左转绿灯时过了停止线，随后变红灯并在红灯下等待，一般不会被扣分。但具体是否扣分还需根据车辆后续行为及当地交通管理部门的执法标准来判断。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况分析

1. 越线停车：

   • 情形描述：车辆在左转绿灯时越过停止线，但随后信号灯变为红灯，车辆及时停车，未继续行驶通过路口。
   • 法律判定：此行为通常被认定为“越线停车”，而非“闯红灯”。根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十一条的规定，机动车遇停止信号时，应停在停止线以外。若车辆在红灯亮起时只是刚刚越过停止线，但立即停住了，这种行为在司法实践和交通管理实际操作中一般不被视为闯红灯。
   • 处罚措施：按照《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车行经交叉路口不按规定行车或者停车的，一次记1分。但在某些地区的实际执法中，对于立即停住的越线行为，可能采取教育警告的方式，不予扣分。

2. 继续行驶：

   • 情形描述：若车辆在红灯亮起后不仅越过停止线，还继续行驶通过了对面路口。
   • 法律判定：此行为明确被认定为闯红灯。
   • 处罚措施：依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的，一次记6分，并可能面临相应的罚款处罚。

二、特殊情况分析

1. 交警指挥：

   • 情形描述：若遇有交通警察现场指挥，且交警指挥车辆在红灯时通过路口。
   • 法律判定：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第三十八条的规定，车辆应当按照交通警察的指挥通行。因此，这种情况下车辆通过路口是合法的，不会被扣分或处罚。

2. 交通信号灯故障：

   • 情形描述：若因交通信号灯故障（如绿灯突然变为红灯且未给出足够的黄灯过渡时间）导致车辆误闯红灯。
   • 法律判定与申诉：驾驶员可以向交通管理部门提出申诉，并提供相关证据（如行车记录仪视频）来撤销处罚。

三、对交通安全的影响及建议

• 影响：即使车辆在越线后停住，如果这一行为影响了交通安全（如妨碍行人正常通行、造成交通拥堵等），驾驶员仍可能面临其他交通管理措施和相应的处罚。
• 建议：
  1. 驾驶员在行驶过程中应严格遵守交通规则，按照信号灯的指示行驶。
  2. 在遇到红灯时，应提前减速并做好停车准备，以避免因操作不当而越过停止线。
  3. 如果不慎越线，应立即停住，切勿继续行驶，以免被认定为闯红灯而受到严厉的处罚。
  4. 对于因特殊情况导致的误闯红灯，应及时向交通管理部门提出申诉，以维护自己的合法权益。

总结：左转绿灯时过了停止线，随后变红灯并在红灯下等待，一般不会被扣分。但驾驶员仍需严格遵守交通规则，确保行车安全。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。