结论概述：体制内的人因男女关系被查，但双方已分手很久，女方是否会被追责需视具体情况而定，包括双方行为性质、是否违反法律法规或纪律规定、证据充分性等因素。

详细分析：

1. 行为性质与法律规定：

   • 首先，需要明确的是，男女关系本身并不直接构成违法或犯罪行为，除非涉及重婚、通奸（在部分法律体系下可能构成违法，但我国现行法律未将通奸明确为犯罪）或其他违反公序良俗且伴随有违法犯罪行为（如诈骗、敲诈勒索等）的情况。
   • 若体制内人员因男女关系问题被查，通常是因为该行为可能违反了单位内部的纪律规定或职业道德规范，而非直接违反了国家法律。

2. 分手时间的影响：

   • 分手时间的长短，虽然可能影响对双方当前关系状态的判断，但并非决定是否会被追责的唯一或决定性因素。
   • 关键在于，在双方交往期间或分手后，是否存在违反法律法规或纪律规定的行为，以及这些行为是否被证据所证实。

3. 证据充分性与追责可能性：

   • 若要追责，必须有充分的证据证明女方存在违法或违纪行为。这包括但不限于书面证据、证人证言、电子数据等。
   • 若证据不足或无法证明女方存在违法或违纪行为，则女方被追责的可能性较低。

4. 体制内纪律规定与职业道德：

   • 体制内人员通常受到更为严格的纪律规定和职业道德规范的约束。若男女关系问题违反了这些规定，即使双方已分手很久，也可能面临单位内部的纪律处分。
   • 但这种处分通常针对的是体制内人员本人，而非其前伴侣，除非前伴侣也涉及到了违纪行为。

5. 特殊情况考虑：

   • 若女方在交往期间或分手后，利用体制内人员的身份或职务之便谋取私利，或存在其他违法犯罪行为，则可能面临法律追责。
   • 此外，若双方交往期间存在金钱往来、财产分割等纠纷，且这些纠纷与体制内人员的职务或身份有关，也可能引发进一步的法律问题。

法律建议：

• 若女方担心自己可能因体制内人员的前男女关系问题而被追责，建议首先梳理双方交往期间及分手后的所有行为，确保没有违反法律法规或纪律规定。
• 若确实存在担忧或不确定的情况，建议咨询专业律师，以便根据具体情况提供针对性的法律建议和帮助。
• 在任何情况下，都应保持冷静和理性，避免采取过激或违法的行为来应对可能的问题。

后续行动建议：

• 若女方收到任何关于被追责的通知或要求，应立即咨询律师并了解自己的权利和义务。
• 在律师的指导下，积极配合相关调查或程序，同时保护自己的合法权益不受侵害。