在二审对一审不予立案案件上诉立案的过程中，如果发现存在重大犯罪嫌疑，司法机关通常会先进行调查。以下是对这一问题的详细分析：

1. 司法程序的基本原则：

   • 司法机关在处理案件时，必须遵循法定程序，确保案件的公正、公平和合法处理。当二审法院在审查一审不予立案的上诉案件时，如果发现案件中存在重大犯罪嫌疑，这直接关系到案件的合法性和公正性，因此司法机关有义务进行进一步的调查。

2. 重大犯罪嫌疑的调查必要性：

   • 重大犯罪嫌疑的存在可能意味着案件背后涉及更严重的犯罪行为，这不仅仅关乎个案的公正处理，还可能影响到社会公共利益和司法权威。因此，司法机关在发现此类嫌疑时，会依法启动调查程序，以查明事实真相，确保案件的合法性和公正性。

3. 调查程序的具体实施：

   • 在调查过程中，司法机关会依法收集证据，包括询问当事人、证人，调取相关物证、书证等。同时，司法机关也会确保调查程序的合法性和正当性，保护当事人的合法权益不受侵犯。如果调查结果显示确实存在重大犯罪行为，司法机关会依法将案件移送至有管辖权的机关进行进一步处理。

4. 对上诉立案的影响：

   • 在二审法院对一审不予立案的上诉案件进行审查时，如果发现存在重大犯罪嫌疑并启动调查程序，这可能会对上诉立案的进程产生一定影响。具体来说，调查程序可能需要一定的时间来完成，这可能会导致上诉立案的延迟。然而，这是为了确保案件的合法性和公正性所必需的，也是司法机关履行其职责的体现。

建议：

• 如果您或您身边的人遇到类似情况，建议积极配合司法机关的调查工作，提供必要的证据和信息，以协助司法机关查明事实真相。
• 同时，您也有权依法维护自己的合法权益，如果认为司法机关的调查或处理程序存在不当之处，可以依法提出申诉或控告。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。