结论前置：在劳动合同期间内，员工自离时，用人单位通常不得无故克扣工资。但若因员工自离给用人单位造成实际经济损失，用人单位可以要求赔偿，不过每月从工资中扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
一、自离不扣工资的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者提供劳动的报酬，应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。因此，即使员工自动离职，用人单位也应当支付其已经付出劳动部分的工资。这是保障劳动者合法权益的基本原则。
二、因自离造成损失时的处理
经济损失的认定与赔偿：
- 若员工自离给用人单位造成了经济损失，如未完成工作交接导致业务受损、数据丢失等，用人单位有权要求员工赔偿。
- 赔偿的金额需有充分证据支持，证明损失的存在及具体数额。例如，因员工突然离职导致项目延误，用人单位需提供项目合同、延误造成的损失计算等证据。
工资扣除的限制：
- 从员工工资中扣除赔偿金额时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付。例如，员工月工资为3000元，当地最低工资标准为2000元，若因自离需赔偿1000元，则用人单位最多只能扣除600元（3000元的20%），剩余工资为2400元，高于最低工资标准。
实例说明：
- 假设员工小李月工资为4000元，因自离给公司造成了1500元损失。根据规定，公司最多可每月从小李工资中扣除800元（4000元的20%）来弥补损失。但若扣除800元后，小李的剩余工资为3200元，高于当地最低工资标准，则公司可以扣除800元；若扣除后剩余工资低于最低工资标准，则公司只能扣除至最低工资标准以上的部分。
三、自离工资的计算与支付
- 自离员工的工资应当按照其在用人单位的实际用工天数计算，确保劳动者获得其应得的劳动报酬。
- 用人单位在劳动者离职时，应当为其结清工资。若发现员工有未完成的工作或造成的经济损失，应及时与员工协商解决，并在支付工资时进行相应的处理。
四、劳动者权益保护
投诉与仲裁：
- 如果用人单位无故克扣自离员工的工资，劳动者有权向当地的劳动监察部门进行投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
证据保留：
- 在处理此类争议时，劳动者应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录、离职证明等，以便在需要时提供证明。
五、建议
- 对劳动者：在离职前，建议与用人单位进行充分沟通，明确离职手续和工资结算等事宜。若因特殊原因需自离，也应尽量提前通知用人单位，并协商解决可能产生的经济损失赔偿问题。
- 对用人单位：应完善内部管理制度，明确劳动合同中的相关条款，如离职程序、经济损失赔偿等。在员工自离时，及时与员工沟通，并保留好相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
综上所述，劳动合同期间内自离时，工资应严格按照实际工作天数和合同约定进行结算。在特殊情况下，如劳动者给用人单位造成经济损失，用人单位有权按法律规定从工资中扣除相应金额，但需遵守法定限制。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。