针对您提出的“公司股权显示有5%的股份但实际没有，需要怎么约定”的问题，这通常涉及到股权的登记与实际权益不符的情况，以下是从不同角度给出的分析和建议：

1. 股权登记与实际权益不符的原因分析：

   • 登记错误：可能是由于公司登记机关的登记错误或信息更新不及时导致的。这种情况下，需要核实公司登记机关的记录，并申请更正。
   • 代持协议：可能存在股权代持的情况，即名义上某人持有股份，但实际上股份属于另一人。这种情况下，需要查看并确认代持协议的内容。
   • 未实际出资或未履行义务：股东可能未按照约定实际出资或未履行其他股东义务，导致其虽登记为股东但实际不享有相应权益。

2. 针对不同情况的约定建议：

   • 若为登记错误：
     • 与公司登记机关沟通，提供正确信息，申请更正股权登记。
     • 在公司内部，通过股东会决议或修改公司章程的方式，确认实际股权结构，并确保所有股东对此无异议。
   • 若存在代持协议：
     • 明确代持协议的内容，包括代持期限、代持费用、权益归属等。
     • 在代持协议到期或条件成就时，及时办理股权过户手续，将股权登记至实际权益人名下。
     • 若代持协议涉及第三方，需确保第三方知晓并同意代持安排，以避免潜在纠纷。
   • 若股东未实际出资或未履行义务：
     • 在公司章程或股东协议中明确股东的权利与义务，包括出资义务、分红权、表决权等。
     • 对于未履行出资义务的股东，可以依据公司章程或股东协议的规定，采取限制其权利、要求其补足出资或承担违约责任等措施。
     • 若情况严重，可以考虑通过股东会决议解除其股东资格，并办理相应的工商变更登记。

3. 法律风险与防范：

   • 股权纠纷风险：股权登记与实际权益不符可能引发股权纠纷，影响公司稳定运营。因此，建议及时明确并固定实际股权结构。
   • 合同风险：在签订代持协议或股东协议时，应确保合同内容合法、有效，并明确各方的权利与义务，以避免潜在的法律风险。
   • 税务风险：股权变更可能涉及税务问题，如股权转让所得税等。因此，在办理股权变更手续时，应咨询专业税务机构，确保合规操作。

4. 实际操作建议：

   • 咨询专业律师：在处理股权登记与实际权益不符的问题时，建议咨询专业律师，以确保操作合法、有效。不过，既然您已经向我咨询，我会尽力为您提供全面的法律建议。
   • 完善公司治理结构：通过完善公司章程、股东协议等文件，明确股东的权利与义务，规范公司治理结构，以降低股权纠纷的风险。
   • 及时办理变更登记：在股权结构发生变化时，应及时办理工商变更登记手续，确保公司登记机关的记录与实际股权结构一致。

针对您的情况，我建议您首先核实股权登记与实际权益不符的具体原因，然后根据实际情况选择合适的约定方式。如有需要，您可以进一步向我咨询具体的法律操作或合同条款设计。