在房地产破产程序中，农民工一般不能直接越过施工方申报债权，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：

1. 一般原则：合同相对性原则
   根据《民法典》第四百六十五条，合同权利义务仅约束合同双方。在建设工程领域，农民工通常与施工方（如包工头或劳务公司）存在劳务合同关系，而施工方与开发商（发包人）存在建设工程施工合同关系。破产程序中，债权申报需以直接合同关系为基础，因此农民工原则上应通过施工方申报债权，而非直接向开发商主张。

2. 例外情形：实际施工人身份的突破
   若农民工被认定为《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第四十三条中的“实际施工人”（如无资质包工头带领的农民工群体），且开发商存在欠付工程款情形，则农民工可突破合同相对性，直接以发包人（开发商）为被告提起诉讼，要求在欠付工程款范围内承担责任。但需注意：

   • 需通过诉讼程序确认债权，而非直接申报；
     
   • 需证明自身实际施工人身份及开发商欠付工程款的事实；
     
   • 开发商破产时，该债权可能作为共益债务优先受偿（需结合《企业破产法》第四十二条判断）。

3. 特殊保护：农民工工资专用账户与优先权
   根据《保障农民工工资支付条例》第三十一条，建设单位应按合同约定拨付工程款，并将人工费用足额拨付至农民工工资专用账户。若开发商未履行该义务，导致农民工工资拖欠，农民工可：

   • 直接向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
     
   • 在破产程序中，依据《企业破产法》第一百一十三条，要求将工资债权作为优先债权（第一顺序）受偿，但需通过管理人审核确认，而非直接申报。

4. 实务建议

   • 证据固定：保留劳务合同、工资条、考勤记录、施工方确认的欠薪证明等材料；
     
   • 程序选择：优先通过劳动仲裁或诉讼确认债权，再参与破产程序；
     
   • 及时申报：若选择申报债权，需在管理人指定的期限内提交材料，并说明债权性质（如工资债权、工程款债权等）；
     
   • 关注公告：密切关注破产管理人发布的债权申报公告、债权人会议通知等，避免程序权利丧失。

总结：农民工能否直接申报债权需结合具体身份（普通劳务提供者或实际施工人）、债权性质（工资或工程款）及程序阶段综合判断。建议根据实际情况选择合适路径，并尽早委托专业律师介入，以最大限度维护权益。