关于公司入股中，甲方用厂房资产入股、乙方用技术产权入资，合作期满后的归属问题，核心结论取决于双方入股协议中的具体约定以及相关法律法规的适用情况。以下从不同角度进行详细分析：

1. 协议约定的优先性

   • 在公司入股的合作中，双方通过签订入股协议来明确各自的权利和义务，包括入股方式、出资比例、股权分配、合作期限以及合作期满后的资产归属等。因此，如果入股协议中明确规定了合作期满后厂房资产和技术产权的归属，那么应当按照协议的约定执行。这是基于合同自由原则，即双方有权在法律允许的范围内自由约定合同内容。

2. 法律法规的适用性

   • 如果入股协议中没有明确规定合作期满后的资产归属，或者规定不明确，那么就需要依据相关法律法规来处理。一般来说，厂房资产作为实物出资，其所有权在出资后通常转移给公司，成为公司的法人财产。而技术产权作为无形资产出资，其使用权或所有权也可能根据协议约定转移给公司。
   • 在合作期满后，如果双方没有续签合作协议或者没有达成新的资产归属协议，那么对于厂房资产和技术产权的归属，可能需要依据《公司法》、《合同法》以及相关知识产权法律法规的规定，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决。

3. 技术产权的特殊性

   • 技术产权作为无形资产，其价值可能随着时间和技术的发展而发生变化。因此，在入股协议中，对于技术产权的评估、作价以及合作期满后的处理方式，应当特别谨慎和明确。
   • 如果技术产权在合作期间内发生了重大变化，如技术升级、专利到期等，那么合作期满后的归属问题可能更加复杂。此时，双方可能需要根据实际情况重新协商技术产权的归属或价值分配。

4. 实际操作建议

   • 明确协议条款：在签订入股协议时，双方应当尽可能明确、具体地约定合作期满后的资产归属问题，包括厂房资产和技术产权的归属、价值评估方式、处理方式等。
   • 保留相关证据：在合作期间，双方应当妥善保管与入股相关的所有文件和证据，如入股协议、出资证明、技术产权证书等，以便在合作期满后需要时能够提供有力的证据支持。
   • 及时沟通协商：如果合作期满后双方对于资产归属问题存在争议，应当及时沟通协商，寻求妥善解决方案。如果协商不成，可以考虑通过调解、仲裁或诉讼等方式来解决争议。

总结来说，合作期满后厂房资产和技术产权的归属问题，首先应当依据入股协议中的约定来处理。如果协议中没有明确规定或者规定不明确，那么就需要依据相关法律法规来处理。在实际操作中，双方应当明确协议条款、保留相关证据，并在出现争议时及时沟通协商。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。