事业单位有编制的员工约定的违约金是否有效，需根据具体情况来判断，仅在特定情形下有效，包括专项培训服务期约定；其他情况下约定的违约金通常无效。以下是对这一问题的详细分析：
可以约定违约金的情形
- 专项培训服务期约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条，用人单位（此处包含事业单位）为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
- 若事业单位为有编制的员工提供了专项培训并支付了费用，双方可以签订协议约定服务期。若员工违反服务期约定，则需按约定支付违约金。
- 违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
不得约定违约金的情形
未涉及培训条款：
- 若聘用合同中未涉及培训条款，或用人单位未为聘用人员提供专业培训及支付费用，则约定的违约金条款通常无效。
涉及户口的违约金约定：
- 涉及户口的违约金约定也是违法的，因此无效。这是因为户口问题通常不属于劳动合同或聘用合同的调整范围，且可能涉及公民的基本权利，因此不能通过违约金条款来限制。
其他注意事项
合同修订与协商：
- 当事人在签署合同时，应经协商达成共识，并可对合同进行修订。但任何修改均需获得另一方同意，且不得擅自变更合同日期。
审批与登记手续：
- 若依据法律、行政法规需办理审批、登记等手续，双方应依法履行相应程序。这是确保合同合法性和有效性的重要步骤。
法律后果与建议
- 法律后果：若事业单位在不符合法定情形的情况下约定违约金，该条款可能被认定为无效。员工在解除聘用合同时，无需支付此类无效违约金。同时，事业单位若因员工解除合同而遭受损失，应通过合法途径主张赔偿，而非依赖无效的违约金条款。
- 建议：对于事业单位而言，在约定违约金时，应严格遵守相关法律法规，确保约定内容的合法性和明确性。对于员工而言，在签署聘用合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于违约金的约定，确保自己的权益不受侵害。
总结来说，事业单位有编制的员工约定的违约金并非绝对有效或无效，而是取决于是否符合法律法规的规定。若您对此有进一步疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。