行政诉讼中，撤销社保部门超期不予受理认定是有可能的，但需满足一定条件。具体分析如下：

1. 超期不予受理认定的合法性审查
   根据《行政诉讼法》及相关规定，行政机关作出行政行为需严格遵循法定程序。若社保部门未在法定期限内（如《社会保险法》规定的受理时限）对申请作出处理，且无正当理由，其行为可能构成程序违法。此时，法院可依据《行政诉讼法》第七十条，以“违反法定程序”为由撤销该认定。

2. 关键证据与事实认定
   需重点审查：

   • 申请材料完整性：若申请人提交的材料存在瑕疵，社保部门需履行一次性告知义务。若未告知导致超期，可能被认定为程序违法；
     
   • 超期原因合理性：若社保部门能证明超期系因不可抗力或申请人原因（如补充材料时间过长），则可能免责；
     
   • 权利救济时效：申请人需在知道或应当知道行政行为作出之日起6个月内提起诉讼（《行政诉讼法》第四十六条），逾期可能丧失诉权。

3. 诉讼策略建议

   • 证据收集：保留申请材料、邮寄凭证、社保部门书面回复（如有）等，证明已履行申请义务及对方超期事实；
     
   • 程序合法性主张：强调社保部门未在法定期限内履行职责，损害申请人合法权益；
     
   • 实质影响论证：若超期不予受理导致申请人无法享受社保待遇（如医疗报销、养老金领取），可主张行政行为对权利产生实际影响，增强诉讼合理性。

4. 风险提示
   若社保部门能证明超期系因申请人未配合补充材料，或申请人已通过其他途径（如复议）解决争议，法院可能驳回起诉。此外，若申请事项本身不符合社保政策（如未达缴费年限），即使程序违法，法院也可能仅确认违法而不撤销行为。

行动建议：若您面临此类情况，建议携带相关材料（如申请记录、社保部门回复、沟通记录等）进一步咨询，我将结合具体细节分析诉讼可行性，并协助制定维权方案。