案件未结束时企业是否可以继续营业，需根据案件性质、法律程序及行业特殊性综合判断，具体处理方式如下：

1. 刑事案件中的营业限制

• 核心依据：若企业或其法定代表人/实际控制人涉及刑事犯罪（如非法经营、集资诈骗等），司法机关可能根据《刑事诉讼法》采取查封、扣押、冻结等强制措施，或直接责令停业。
• 处理方式：
  • 主动申请：若企业认为继续营业不会妨碍侦查或审判，可向办案机关提交书面申请，说明营业必要性（如维持员工就业、避免合同违约等），并提供担保措施（如资金监管、第三方监督）。
  • 合规整改：若案件涉及合规问题（如税务、环保），需在营业同时配合调查，制定整改方案并提交监管部门备案。

2. 民事案件中的营业限制

• 核心依据：民事纠纷（如合同纠纷、侵权诉讼）通常不直接限制营业，但若法院裁定财产保全（如冻结账户、查封资产）或行为保全（如禁止特定经营活动），则需暂停相关业务。
• 处理方式：
  • 异议申请：对保全措施有异议的，可在收到裁定书后5日内向法院申请复议，提供反担保或证明保全措施不当。
  • 替代方案：若部分业务被限制，可调整经营策略（如更换供应商、变更收款账户），确保核心业务持续。

3. 行政案件中的营业限制

• 核心依据：若企业被行政机关责令停产停业（如环保处罚、安全生产整改），需立即执行，否则可能面临加重处罚。
• 处理方式：
  • 听证与复议：在收到行政处罚决定书后，可依法申请听证或行政复议，争取撤销或变更处罚。
  • 分期整改：与行政机关协商制定分期整改计划，在整改期间申请部分恢复营业（需提供整改方案及担保）。

4. 行业特殊性处理

• 金融、医疗、教育等受监管行业：需同时遵守行业法规（如《银行业监督管理法》《医疗机构管理条例》），若案件涉及行业许可（如牌照吊销），需立即停止相关业务并申请行政复议或诉讼。
• 上市公司：若案件涉及信息披露违规或证券欺诈，需按《证券法》及交易所规则暂停部分业务（如重大资产重组），并及时公告风险。

5. 合规建议

• 证据保留：营业期间需完整保留合同、发票、沟通记录等证据，以证明营业合法性及必要性。
• 风险隔离：通过设立子公司、调整股权结构等方式，将涉案业务与核心业务隔离，降低连带风险。
• 律师介入：在案件初期即委托律师评估风险，制定应对策略（如申请解除保全、协商和解），避免被动应对。

总结：案件未结束时能否继续营业无统一答案，需结合案件类型、法律程序及行业规则综合判断。企业应优先遵守司法或行政机关的明确指令，同时通过合法途径争取营业权利，并确保所有经营活动符合法律法规要求。如有具体案件，可直接向我咨询细节。