结论：施工单位员工在工作时间私人扣车，单位是否负责需分情况讨论，主要取决于扣车行为的性质、是否与工作相关以及单位的管理责任等。以下从不同角度进行分析：

1. 扣车行为与工作无关：

   • 法律分析：如果员工在工作时间私人扣车，且该行为与工作完全无关，比如员工因个人纠纷而扣留他人车辆，那么这通常被视为员工的个人行为。根据《民法典》的相关规定，个人行为造成的后果应由个人承担，单位一般无需对此负责。
   • 建议：在这种情况下，受害方应直接向实施扣车行为的员工主张权利，如要求返还车辆、赔偿损失等。单位可以协助调查，但无需承担法律责任。

2. 扣车行为与工作有关，但超出授权范围：

   • 法律分析：如果员工在工作时间扣车是出于工作目的，比如因工作需要暂时扣留车辆进行调查或保管，但超出了单位授权的范围或违反了单位的规定，那么这可能被视为员工的职务行为，但单位可能因管理不善或授权不明而承担一定的责任。不过，具体责任需根据实际情况和法院的判决来确定。
   • 建议：单位应加强内部管理，明确员工的职责和权限，避免类似情况的发生。如果发生此类事件，单位应积极配合调查，并根据实际情况承担相应的责任（如有）。

3. 扣车行为是单位明确授权或指示的：

   • 法律分析：如果员工在工作时间扣车是单位明确授权或指示的，比如因工作需要扣留违规车辆进行处罚或保管，那么这应被视为单位的职务行为。在这种情况下，单位应对扣车行为承担法律责任，包括返还车辆、赔偿损失等。
   • 建议：单位在授权或指示员工扣车时，应确保行为的合法性和合理性，并明确告知员工相关的法律责任和后果。如果发生纠纷或诉讼，单位应积极应对并承担相应的法律责任。

4. 单位管理责任：

   • 法律分析：无论扣车行为是否与工作相关，如果单位在管理上存在疏忽或过错，比如未对员工进行充分的法律培训、未建立有效的内部监督机制等，导致员工实施了违法行为或造成了不良后果，那么单位可能因管理责任而承担一定的法律责任。
   • 建议：单位应加强内部管理，建立健全的法律培训制度和内部监督机制，确保员工遵守法律法规和单位的规定。同时，单位应定期对员工进行法律知识和职业道德的培训，提高员工的法律意识和职业素养。

额外提醒：在处理此类事件时，建议单位和员工都保持冷静和理性，通过合法途径解决纠纷。如果发生诉讼或仲裁等法律程序，单位和员工都应积极配合并提供相关证据和材料，以便法院或仲裁机构作出公正的判决或裁决。

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