结论：公司内部调查期间退回收的钱是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及款项性质、退款原因及公司规定等因素。以下从不同角度详细分析：
1. 款项性质决定退款合法性
- 合法收入：若退还的是员工合法收入（如工资、奖金、报销款等），且退款行为符合公司财务制度或双方约定（如多发的工资需退还），则不违法。例如，公司因财务错误多发工资，员工在内部调查期间主动退还，属于合法行为。
- 非法收入：若款项涉及贪污、受贿、挪用资金等违法行为（如员工利用职务便利收受供应商回扣），则退还行为本身虽不直接构成违法，但可能掩盖之前的违法行为。此时，退款可能被视为“自首”或“退赃”情节，但需配合司法机关调查，否则可能因隐瞒犯罪事实承担法律责任。
2. 退款原因影响法律定性
- 主动退还：员工因个人原因（如离职、岗位调整）或公司要求（如审计发现多付款项）主动退还，通常不违法。但需注意退款流程是否合规，例如是否需签订退款协议、是否需公司出具收据等。
- 被迫退还：若公司以威胁、胁迫等方式要求员工退还合法收入（如以开除相逼），则可能涉及违法解除劳动合同或侵犯员工权益，员工可依法维权。
3. 公司规定与内部调查程序
- 合规调查：公司内部调查需遵循法定程序（如《劳动法》《劳动合同法》中关于调查权的规定），不得侵犯员工隐私或合法权益。若调查程序合法，员工配合退款通常不违法。
- 违规调查：若公司调查程序违法（如非法搜查、扣押员工财物），员工有权拒绝配合，并可向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
4. 潜在法律后果
- 对员工：若退款涉及非法收入，员工可能面临行政处罚（如罚款）或刑事责任（如贪污罪、受贿罪）。若退款合法但程序不当，员工可要求公司补发款项或赔偿损失。
- 对公司：若公司以违法手段要求员工退款，可能面临劳动仲裁败诉、行政处罚（如劳动监察部门罚款）或民事赔偿（如员工起诉要求赔偿）。
建议
- 核实款项性质：员工应首先确认退还款项是否合法，若涉及非法收入，建议咨询律师后配合调查，避免自证其罪。
- 保留证据：退款时要求公司出具书面收据或协议，明确退款原因、金额及时间，避免后续纠纷。
- 依法维权：若公司调查程序违法或强迫退款，员工可向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自身权益。
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