个人货运合作协议是受法律保护的，但前提是该协议必须满足法律规定的合同生效要件。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律保护的基础

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，受法律保护。这意味着，只要个人货运合作协议是双方真实意思的表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议就是有效的，并受到法律的保护。

二、协议生效的要件

1. 双方意思表示真实：协议必须是双方自愿达成的，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响。
2. 内容合法合规：协议的内容必须符合法律、行政法规的规定，不得违反公序良俗。例如，协议中不能约定违法的内容，如走私、贩毒等。
3. 形式符合要求：虽然大多数合同并不要求特定的形式，但某些特定类型的合同，如涉及不动产的买卖合同，可能需要采用书面形式。对于个人货运合作协议，虽然法律没有明确规定必须采用书面形式，但为了保障双方的权益，建议采用书面形式，并明确双方的权利和义务。

三、协议受保护的具体表现

1. 履行保障：一旦协议生效，双方都有义务按照协议的约定履行自己的义务。如果一方不履行或者履行不符合约定，另一方有权要求其承担违约责任。
2. 争议解决：如果双方在履行协议过程中发生争议，可以通过协商、调解、仲裁或者诉讼等方式解决。法律会为双方提供一个公平、公正的争议解决机制。
3. 权益保护：如果协议的一方侵犯了另一方的合法权益，受侵害方有权依法要求侵权方承担法律责任，包括赔偿损失等。

四、注意事项

1. 明确协议内容：在签订个人货运合作协议时，双方应该明确协议的内容，包括合作的方式、期限、费用、违约责任等。这样可以避免在履行过程中产生争议。
2. 保留证据：双方应该保留好与协议相关的证据，如书面协议、转账记录、沟通记录等。这些证据在发生争议时可能会起到关键作用。
3. 及时咨询：如果在签订或者履行协议过程中遇到法律问题，建议及时咨询专业律师，以保障自己的合法权益。

总结来说，个人货运合作协议在满足法律规定的合同生效要件的前提下，是受法律保护的。为了保障双方的权益，建议在签订协议时明确内容、保留证据，并在遇到法律问题时及时咨询。如果你有任何具体的法律问题或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。