在申请劳动仲裁主张公司扣绩效工资违法时，员工需要准备的证据主要包括以下几类：

1. 劳动合同或相关协议：

   • 劳动合同是证明你与公司存在劳动关系的基础文件，其中可能包含关于工资构成、绩效考核及绩效工资发放的条款。这些条款对于证明公司扣绩效工资是否合法至关重要。
   • 如果劳动合同中没有明确约定，但公司有内部规章制度或员工手册等文件对绩效考核和绩效工资有规定，这些文件也应作为证据提交。

2. 工资条或银行流水：

   • 工资条是证明你每月应得工资和实际发放工资的直接证据。如果工资条中明确显示了绩效工资的数额和发放情况，而公司实际发放的绩效工资少于应得数额，这将是一个有力的证据。
   • 银行流水可以证明公司实际向你支付的工资数额，与工资条相互印证，增强证据的可信度。

3. 绩效考核记录或通知：

   • 如果公司进行了绩效考核，并据此扣除了你的绩效工资，那么绩效考核的记录或通知就是关键证据。这些记录应显示考核的标准、过程、结果以及据此扣除的绩效工资数额。
   • 如果公司没有提供绩效考核记录或通知，或者记录不完整、不公正，你可以提出异议，并要求公司提供完整的考核记录。

4. 公司扣绩效工资的书面通知或说明：

   • 如果公司扣除了你的绩效工资，并给出了书面通知或说明，这份文件应详细解释扣除的原因、依据和数额。这是证明公司行为是否合法的重要证据。
   • 如果公司没有提供书面通知或说明，或者通知中的理由不充分、不合法，你可以据此提出异议。

5. 其他相关证据：

   • 如果公司扣绩效工资的行为与你遭受的其他不公正待遇（如歧视、报复等）有关，你可以收集相关证据（如聊天记录、邮件、证人证言等）来支持你的主张。
   • 如果公司存在违反法律法规或劳动合同的行为（如未按时支付工资、未提供劳动保护等），这些行为也可能与扣绩效工资有关，你可以收集相关证据来增强你的仲裁请求。

在准备证据时，还需要注意以下几点：

• 证据的真实性：确保你提供的所有证据都是真实、合法的，没有伪造或篡改。伪造证据是违法行为，不仅可能导致仲裁失败，还可能面临法律责任。
• 证据的完整性：尽量收集完整的证据链，以证明你的主张。例如，如果公司扣除了你的绩效工资，你应收集从劳动合同、工资条、绩效考核记录到扣工资通知的所有相关证据。
• 证据的及时性：在发现公司扣绩效工资后，应尽快收集证据并申请劳动仲裁。因为随着时间的推移，一些证据可能会丢失或变得难以获取。

如果公司扣绩效工资的行为违法，你可能获得的法律后果包括：

• 公司被要求补发扣除的绩效工资；
• 如果公司的行为构成恶意拖欠工资，你还可能要求公司支付赔偿金；
• 在极端情况下，如果公司的行为严重违反了劳动法律法规，你还可能要求解除劳动合同并获得经济补偿。

最后，我建议你：在准备证据和申请劳动仲裁前，先与公司进行协商，尝试通过沟通解决问题。如果协商无果，再考虑申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，务必确保你的证据充分、合法、有效，以支持你的主张。如果你在准备证据或申请劳动仲裁过程中遇到任何问题，都可以直接向我咨询。