双方是可以共同指定鉴定机构的。在合同纠纷等民事案件中，当需要对某些专门性问题进行鉴定时，双方当事人通常有权共同协商并指定一家具有相应资质的鉴定机构来进行鉴定。以下是对这一问题的详细分析：

法律依据与原则

1. 当事人意思自治原则：在民事法律关系中，当事人有权在法律规定的范围内自由处分自己的民事权利和诉讼权利。因此，在鉴定机构的选择上，双方当事人有权共同协商并指定。
2. 公平、公正原则：共同指定鉴定机构有助于确保鉴定的公平性和公正性，避免单方面指定可能带来的偏见或不公。

实际操作与注意事项

1. 协商一致：双方当事人应就鉴定机构的选择进行充分协商，并达成一致意见。这有助于确保鉴定过程的顺利进行和鉴定结果的接受度。
2. 资质审查：在选择鉴定机构时，双方应共同审查其资质和信誉，确保所选机构具有相应的专业能力和经验，能够提供准确、可靠的鉴定意见。
3. 书面协议：为了明确双方的权利和义务，避免后续争议，建议双方就鉴定机构的选择、鉴定费用的承担等事项签订书面协议。

特殊情况处理

1. 协商不成：如果双方无法就鉴定机构的选择达成一致意见，可以根据相关法律规定，由法院或仲裁机构指定鉴定机构。
2. 鉴定机构回避：如果鉴定机构或其鉴定人员与案件有利害关系或其他可能影响公正鉴定的情形，双方当事人有权要求其回避，并重新选择鉴定机构。

法律后果

1. 鉴定意见的效力：经双方共同指定或法院、仲裁机构指定的鉴定机构出具的鉴定意见，通常具有较高的证明力，可以作为认定案件事实的依据。
2. 重新鉴定的申请：如果一方当事人对鉴定意见有异议，并符合法律规定的条件，可以向法院或仲裁机构申请重新鉴定。但重新鉴定应谨慎进行，以避免浪费司法资源和增加当事人负担。

在实际操作中，建议双方当事人在选择鉴定机构时保持沟通、协商一致，并共同审查鉴定机构的资质和信誉。如果遇到任何问题或争议，可以及时咨询专业律师以获取法律帮助。