结论：工程负责人使用他人账户以运输费用名义转款至私人账户的行为，是否违法需结合具体情况判断，但该行为存在较大法律风险，可能涉及违反财务制度、税务规定甚至职务侵占等法律问题。以下从不同角度详细分析：
一、可能违反公司财务制度
- 资金管理规定：多数公司有严格的资金管理制度，要求工程款项必须通过公司账户收支，以确保资金透明、可追溯。若工程负责人擅自将款项转至私人账户，可能违反公司内部财务规定，公司有权追究其责任，如要求返还资金、给予纪律处分等。
- 审批流程：公司资金支出通常需经过多层审批，包括项目负责人、财务部门、管理层等。若工程负责人未经审批擅自转账，属于违规操作，可能面临公司内部的处罚。
二、可能涉及税务问题
- 发票与税款：以运输费用名义转账，需确保有真实的运输业务及对应的发票。若实际无运输业务或发票虚假，可能构成虚开发票，违反《中华人民共和国发票管理办法》等相关规定，面临税务机关的处罚，如罚款、滞纳金等。
- 个人所得税：若转账至私人账户的款项属于工程负责人的个人收入（如奖金、分红等），应依法缴纳个人所得税。若未申报纳税，可能构成偷税漏税，面临税务机关的追缴税款、罚款等处罚。
三、可能构成职务侵占或挪用资金
- 职务侵占：若工程负责人利用职务便利，将公司资金非法占为己有，数额较大的，可能构成职务侵占罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条，职务侵占罪可处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
- 挪用资金：若工程负责人将公司资金挪作他用，如用于个人消费、投资等，且未在合理期限内归还，可能构成挪用资金罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十二条，挪用资金罪可处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。
四、建议与风险提示
- 合规操作：工程负责人应严格遵守公司财务制度，确保所有款项通过公司账户收支，并保留完整的业务记录和发票。
- 税务申报：若涉及个人收入，应依法申报纳税，避免偷税漏税风险。
- 法律咨询：若对资金操作存在疑问或不确定是否合规，建议及时咨询专业律师或税务师，以规避法律风险。
总结：工程负责人使用他人账户以运输费用名义转款至私人账户的行为，存在较大的法律风险。为确保合规，建议严格遵守公司财务制度和税务规定，必要时咨询专业律师或税务师。如有具体法律问题或需要进一步帮助，可直接向我咨询。