针对小股东干扰经营的问题，可采取以下法律手段进行处理，具体需结合干扰方式、公司章程及股东协议等综合判断：

1. 核查公司章程与股东协议
   首先需审查公司章程及股东协议中关于股东权利、义务及经营管理的条款。若章程或协议明确限制小股东干预经营的具体情形（如越权表决、干扰管理层决策等），可依据约定要求其停止侵权行为，并追究违约责任。例如，若章程规定“股东不得直接干预日常经营，仅通过股东会行使表决权”，则小股东通过非法定程序干预经营的行为构成违约。

2. 区分干扰行为的性质

   • 合法行使股东权利：若小股东通过股东会、董事会等法定程序提出异议或行使表决权（如对重大决策投反对票），属于合法权利范畴，公司需通过完善决策机制或协商解决分歧。
     
   • 滥用权利干扰经营：若小股东采取非法定手段（如阻挠管理层执行决议、散布不实信息影响公司声誉、擅自查阅或泄露商业秘密等），则可能构成侵权或违反《公司法》第20条“股东滥用权利”的规定。此时可要求其停止侵害、赔偿损失，甚至通过股东会决议限制其部分权利（如表决权比例调整）。

3. 通过股东会或董事会决议排除干扰
   若干扰行为源于小股东对特定决议的反对，可依据《公司法》及章程规定召开股东会，通过合法程序形成有效决议（如更换管理层、调整经营策略）。若小股东拒不执行决议，可依据《公司法》第22条申请法院撤销其违法决议，或依据《民法典》第1165条追究其侵权责任。

4. 行使股东除名权（极端情形）
   若小股东行为严重损害公司利益（如挪用资金、竞业禁止等），且符合《公司法司法解释（三）》第17条“未履行出资义务或抽逃全部出资”等情形，公司可通过股东会决议解除其股东资格。但需注意，此情形需严格符合法定条件，且需履行催告、通知等程序。

5. 提起诉讼或申请行为保全

   • 侵权之诉：若小股东行为构成侵权（如诋毁商誉、干扰合同履行），可依据《民法典》第179条提起侵权诉讼，要求其停止侵害、赔偿损失。
     
   • 行为保全：在紧急情况下（如小股东威胁泄露核心数据），可依据《民事诉讼法》第103条向法院申请行为保全，禁止其实施特定行为。

建议行动步骤：

1. 收集证据（如干扰行为的书面记录、证人证言、损失证明等）；
   
2. 发送律师函要求停止侵害并赔偿损失；
   
3. 召开股东会形成决议排除干扰；
   
4. 若协商无果，及时向法院提起诉讼或申请仲裁。
   

注意事项：处理过程中需平衡公司治理与股东权益保护，避免因过度反击引发其他股东纠纷。具体方案需结合公司股权结构、干扰行为的具体形式及证据充分性综合制定。如有进一步疑问，可直接向我咨询。