公司员工在工作时违反项目保密协议，公司和员工分别承担的责任如下：

一、员工承担的责任

1. 民事责任

   • 违约责任：若保密协议中明确规定了违约金的数额或计算方法，员工需按约定向公司支付违约金。例如，违约金可能是员工离职前一年工资的一定比例。
   • 赔偿损失：员工的违约行为若给公司造成实际损失，包括直接损失（如销量下降导致的利润减少）和间接损失（如为恢复商业信誉而支付的费用），员工均应承担赔偿责任。赔偿金额通常根据公司的实际损失来计算，可能涵盖因商业秘密泄露导致的市场份额下降、客户流失等直接经济损失，以及品牌声誉受损导致的未来收益减少等间接损失。
   • 继续履行保密义务：即使员工已经违反了保密协议，法院也可能判决其继续履行保密义务，防止进一步的信息泄露。

2. 行政责任

   • 若员工泄露的是涉及国家秘密或构成侵犯商业秘密的不正当竞争行为，相关部门可依据《中华人民共和国反不正当竞争法》等法律法规对其进行行政处罚。处罚措施包括但不限于警告、罚款、责令停止违法行为、责令返还或销毁载有商业秘密的资料等。罚款数额通常根据违法情节的严重程度而定，可能在一定金额范围内。

3. 刑事责任

   • 在某些严重情况下，员工的泄密行为可能触犯刑法，构成侵犯商业秘密罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，若员工的泄密行为给商业秘密的权利人（即公司）造成重大损失，可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑罚。若造成特别严重后果，则可能面临三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金的刑罚。

4. 其他后果

   • 职业声誉受损：违反保密协议的行为可能导致员工在行业内的声誉受损，影响其未来的职业发展。
   • 解除劳动合同：公司有权根据保密协议的约定和内部规章制度，解除与违约员工的劳动合同。

二、公司承担的责任

1. 加强保密管理

   • 公司应加强对员工的保密培训和教育，提高员工的保密意识，从源头上防范泄密风险的发生。这包括定期组织保密知识培训、制定保密手册、明确保密责任等。

2. 完善保密制度

   • 公司应完善保密制度，确保商业秘密得到有效保护。这包括制定详细的保密协议、明确保密信息的范围、规定保密措施和保密期限等。

3. 采取法律措施

   • 一旦发现员工有违反保密协议的行为，公司应及时采取法律措施，如要求员工停止侵害、消除影响、赔偿损失等。在必要时，公司还可以向相关部门举报员工的违法行为，并寻求法律援助以维护自身合法权益。

总结与建议：

员工违反保密协议将面临严重的法律后果，包括民事责任、行政责任乃至刑事责任。因此，员工应严格遵守保密协议，保护公司的商业秘密不受侵犯。同时，公司也应加强保密管理，完善保密制度，确保商业秘密得到有效保护。如果公司发现员工有违反保密协议的行为，应及时采取法律措施以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。