用人单位以不胜任工作让员工停职，这一行为本身并不直接等同于合法解除劳动合同，其合法性取决于用人单位是否遵循了法律规定的条件和程序。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
明确证据支持：
- 用人单位必须提供充分且明确的证据来证明员工确实不能胜任其本职工作。这些证据通常包括员工的工作表现记录、绩效评估报告、定期的业绩考核记录以及工作失误造成的损失等客观数据。例如，销售人员连续两个季度销售额远低于公司规定的标准，且有销售数据、报表等确凿证据支持。
- 不能胜任的判断应基于与工作直接相关的因素，如工作能力、技能水平等，而非主观偏见或不合理要求。
培训或调岗义务：
- 在确认员工不能胜任工作后，用人单位需为员工提供针对性的岗位培训，以帮助其提升工作能力，或者将其调整至更适合的岗位。培训内容应与员工的工作短板紧密相关，调岗也需合理且不得带有惩罚性质。
- 例如，若员工因缺乏某项技能而不能胜任当前工作，用人单位应提供相关技能培训；若员工因性格或兴趣与岗位不匹配，用人单位可考虑将其调岗至更合适的岗位。
再次考核与确认：
- 经过培训或调岗后，用人单位需对员工进行再次考核，以确认其是否仍不能胜任工作。若员工再次被证明不能胜任，则用人单位可依据相关规定进行后续处理，但并非直接停职，而是可考虑解除劳动合同等合法措施。
履行法定程序：
- 若用人单位决定解除劳动合同，需提前通知工会（如有）并说明辞退原因及依据，听取工会意见。
- 按照法律规定的时间和方式，提前三十日以书面形式通知员工本人，或额外支付一个月工资作为代通知金。
- 依法向员工支付经济补偿金，根据员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准。
违法情形
- 缺乏充分证据：若用人单位无法提供足够证据证明员工不能胜任工作，仅凭口头声称或模糊不清的标准判断，则停职或辞退行为违法。
- 未履行培训或调岗程序：未经培训或调岗直接让员工停职或辞退员工，属于违法解除劳动合同。
- 违反法定程序：未按规定通知工会或员工本人，或通知形式和时间不符合规定，均构成违法停职或辞退。
员工权益保护
- 若员工认为用人单位以不胜任工作为由的停职或辞退行为违法，可与用人单位协商解决。
- 协商不成时，员工可向劳动争议仲裁机构申请仲裁，对仲裁结果不满意还可向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
法律依据
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条的规定，劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。但这一条款并未直接规定用人单位可以因员工不胜任工作而停职，停职并非法律规定的直接处理措施，用人单位需谨慎处理，避免违法。
总结与建议：
用人单位在面对员工不胜任工作的情况时，应首先确保有充分的证据支持其判断，并遵循法律规定的培训和调岗程序。若决定解除劳动合同，还需履行法定程序并支付相应的经济补偿金。直接以不胜任工作为由让员工停职，并非合法且稳妥的处理方式，用人单位应避免采取此类措施。员工在面对此类情况时，也应了解自己的权益，并在必要时采取法律手段维护自身利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。