要证明农民工工资已经付清，可以从以下几个方面入手，确保有充分的证据支持这一事实：
书面支付凭证：最直接且有力的证据是书面支付凭证，如银行转账记录、现金收据、工资条等。这些凭证应明确显示支付日期、支付金额、支付方式以及收款人信息（如农民工的姓名、身份证号或银行账户信息）。如果是通过银行转账支付，银行流水记录将是非常有力的证明；如果是现金支付，则应要求农民工签署收据，确认收到相应金额的工资。
劳动合同与工资协议：劳动合同或工资协议中应明确约定工资的支付方式、支付时间、支付金额等关键信息。如果实际支付情况与合同或协议中的约定一致，那么这些文件也可以作为工资已付清的辅助证据。
农民工确认函：在工资支付完毕后，可以要求农民工签署一份工资付清确认函，明确表示他们已经收到了全部应得的工资，并且对支付金额、支付方式等无异议。这份确认函应由农民工本人签字并按手印，以确保其真实性和有效性。
第三方见证或公证：如果条件允许，可以邀请第三方（如工会代表、劳动监察部门工作人员等）见证工资支付过程，并出具见证证明。或者，将工资支付的相关证据（如支付凭证、确认函等）进行公证，以增强其法律效力和证明力。
其他辅助证据：如工资支付过程中的聊天记录、短信通知、电子邮件等，也可以作为辅助证据来证明工资已经付清。这些证据虽然不如书面支付凭证直接，但在某些情况下也能起到关键作用。