在协议书上，无论是加盖合同章还是公章，通常都具有法律效力，但具体哪个有效需根据合同内容、双方约定及实际使用情况来确定。以下从多个角度为您详细分析：
法律依据与效力分析
根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这里的“盖章”并未限定为特定类型的印章，因此，从法律层面讲，合同章和公章在满足法律要求的形式要件上均具有同等效力。
公章：作为单位法定的官方印章，公章在各类重要文件签发、合同签署以及需要证明单位身份或权威性的场合中广泛使用。加盖公章的文件代表公司的全面意志和承诺，具有高度的法律效力和公信力。在协议书上加盖公章，通常意味着公司对协议内容的全面认可和承担相应责任。
合同章：合同章是专门用于签订合同的印章，其使用更加聚焦于合同相关业务。在合同上加盖合同章，可以明确表明该合同已经得到了单位的认可和授权，同样具有法律效力。合同章的使用范围和权限可能受到一定限制，主要限于合同签订领域，但在合同签订领域内，其效力与公章无异。
使用场景与特殊情形
在实际操作中，具体使用哪种印章应根据合同的重要性、交易习惯及双方约定来确定：
重要合同：对于涉及重大资产处置、长期合作协议等重要合同，建议使用公章以确保其法律效力和权威性。因为公章的使用通常需要经过更严格的审批程序，更能体现公司对合同的重视和承诺。
一般合同：对于一般的合同或日常业务往来文件，可以使用合同章进行签署。这既能体现单位对合同的认可，又能提高合同签订的效率。
双方约定：如果交易双方在合同中明确约定必须使用特定的印章（如公章或合同章），则应严格按照约定执行。否则，可能会影响合同的效力，甚至引发纠纷。
行业惯例：某些特定行业或交易中可能存在对使用印章的特殊要求或惯例。例如，金融机构在某些业务合同中可能要求必须加盖公章或同时加盖公章和法定代表人章。在这种情况下，应遵循行业惯例和交易习惯。
注意事项与建议
印章真实性：无论使用哪种印章，都应确保印章的真实性、合法性和有效性。避免使用伪造、变造或过期的印章，以免引发法律风险。
合同审查：在签订合同前，务必仔细审查合同条款和内容，确保自身权益得到充分保障。如有任何疑问或不确定之处，应及时向我咨询，以避免潜在的法律风险。
印章管理：单位应建立健全印章管理制度，明确印章的保管、使用和审批程序。避免印章被滥用或盗用，导致公司承担不必要的法律责任。
综上所述，协议书上两个公章（或合同章与公章）的效力问题需根据具体情况来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。