违法行为持续超过二年时，违法经营额或违法所得的计算期限通常以违法行为终了之日起计算，但存在特殊情形需结合具体法律规定和执法实践综合判断。具体分析如下：

1. 一般原则：以违法行为终了之日为计算起点
   根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚，法律另有规定的除外。此处的“二年”期限通常从违法行为终了之日起计算。若违法行为持续超过二年（如长期无证经营、连续销售侵权商品等），违法经营额或违法所得的计算期限一般覆盖整个违法持续期间，但行政机关需在违法行为终了后二年内发现并立案，否则可能因超过追责时效而无法处罚。
   示例：某企业自2020年1月至2023年12月持续无证生产，行政机关于2024年3月发现。若法律未规定更长追责时效，则行政机关仅能对2022年3月至2023年12月（终了之日起二年内）的违法行为进行处罚，但违法经营额或违法所得的计算仍可能以实际持续期间（2020年1月至2023年12月）的总额为参考，具体需结合证据认定。

2. 特殊情形：法律另有规定或执法实践调整

   • 法律明确规定计算期限：部分法律可能对违法经营额或违法所得的计算期限作出特殊规定。例如，《商标法》第六十条对侵犯注册商标专用权的违法所得计算，可能以侵权商品的销售数量与单价乘积为准，无论违法行为持续多久，均以实际发生额计算。
     
   • 执法实践中的“连续状态”认定：若违法行为呈连续状态（如每日超标排放污染物），行政机关可能将整个持续期间视为一个整体违法行为，违法经营额或违法所得的计算期限即违法行为存续期间。但若违法行为呈间断状态（如偶尔销售假货），则可能按每次违法行为分别计算期限。
     
   • 追责时效的延长或中断：若违法行为涉及危害人体健康、生命安全等严重后果，或当事人逃避处罚，部分法律可能规定更长的追责时效（如五年），此时违法经营额或违法所得的计算期限可能相应延长。

3. 实务建议：结合证据与法律综合判断
   在具体案件中，违法经营额或违法所得的计算期限需以证据能够证明的实际违法期间为准。行政机关或司法机关会通过账目、合同、交易记录等证据，固定违法行为的起始时间、终止时间及具体金额。若证据不足，可能仅能计算部分期间的违法所得，甚至因无法证明违法行为终了时间而导致处罚困难。

总结：违法行为持续超过二年时，违法经营额或违法所得的计算期限原则上覆盖整个违法持续期间，但需以行政机关在追责时效内发现为前提，并结合具体法律规定和证据情况综合确定。若您面临此类问题，建议提供具体违法行为类型、持续时间及证据材料，以便进一步分析。