在施工许可类处罚案件中，若建设单位已注销，处罚措施需结合具体情况及法律规定综合判断，具体如下：

1. 注销前违法行为的责任归属
   若建设单位在注销前已实施违法行为（如未取得施工许可证擅自施工），且注销行为系为逃避处罚，行政机关可依据《行政处罚法》第三十六条，将处罚对象追溯至原建设单位的权利义务承继者（如股东、清算组或实际控制人）。若存在恶意注销情形，行政机关可申请法院强制执行，要求相关责任人承担罚款、没收违法所得等法律责任。

2. 注销后违法行为的处理
   若建设单位在注销后实施违法行为（如以已注销主体名义继续施工），因主体资格已消灭，行政机关无法直接处罚原单位。但若违法行为涉及实际施工方或关联方（如新成立的公司、项目负责人），可依据《建筑法》《建设工程质量管理条例》等规定，对实际责任主体（如施工单位、直接责任人）进行处罚，包括责令停工、罚款、降低资质等级等。

3. 清算程序中的责任承担
   若建设单位在注销前未依法完成清算，导致违法行为未被处理，债权人或行政机关可依据《公司法》第一百八十三条、第二百零四条，要求股东、董事或清算组成员承担赔偿责任。例如，若清算组未通知行政机关申报债权，导致罚款无法执行，清算组成员可能需在清算财产范围内承担补充赔偿责任。

4. 特殊情形下的处罚路径

   • 项目未竣工验收：若工程未完工且建设单位已注销，行政机关可责令现施工方或业主单位补办施工许可，并依法处罚；若无法确定责任主体，可公告限期整改，逾期未整改的，对工程采取查封、强制拆除等措施。
     
   • 涉及刑事犯罪：若违法行为构成犯罪（如重大安全事故罪），公安机关可依据《刑事诉讼法》对原单位直接责任人立案侦查，不受主体注销影响。

建议：行政机关在处理此类案件时，应首先核查建设单位注销时间、程序合法性及是否存在恶意逃避处罚的情形，同时通过调查工程实际控制人、施工方等锁定责任主体，确保处罚措施有效落地。若需进一步分析具体案情，可直接向我咨询。