消防部门对租赁仓库进行罚款是否合法，需结合具体情况判断，主要取决于仓库是否存在消防违法行为以及执法程序是否合规。以下是具体分析：
若仓库存在消防违法行为，消防部门有权依法处罚
根据《中华人民共和国消防法》第六十条，单位若存在以下行为之一，消防部门可责令改正并处五千元以上五万元以下罚款：
- 占用、堵塞、封闭疏散通道、安全出口；
- 损坏、挪用或擅自拆除、停用消防设施、器材；
- 埋压、圈占、遮挡消火栓或占用防火间距；
- 人员密集场所门窗设置影响逃生和灭火救援的障碍物；
- 其他违反消防安全规定的行为（如未配置灭火器、应急照明等）。
若仓库存在上述问题，消防部门的罚款行为合法。
若执法程序违法，罚款可能被撤销
即使仓库存在消防问题，消防部门也需严格遵循法定程序：
- 检查程序：需出示执法证件，且检查人员不得少于两人；
- 告知义务：需告知当事人违法事实、处罚依据及权利（如陈述、申辩、听证）；
- 文书规范：需出具《消防监督检查记录》《责令改正通知书》及《行政处罚决定书》，并加盖公章。
若程序存在瑕疵（如未出示证件、未告知权利），当事人可申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销处罚。
租赁双方的责任划分需注意
- 出租方责任：若仓库本身消防设施不达标（如未通过消防验收），出租方可能需承担主要责任；
- 承租方责任：若因承租方使用不当（如堆放货物堵塞通道）导致违法，承租方需承担责任；
- 合同约定：若租赁合同明确约定消防责任由某方承担，可按合同处理，但不得对抗法定责任。
建议行动：
- 核实罚款依据：要求消防部门出具《行政处罚决定书》，明确违法事实和法律依据；
- 检查执法程序：确认检查人员是否出示证件、是否告知权利、文书是否规范；
- 协商或申诉：若对处罚有异议，可与消防部门沟通，或依法申请行政复议、提起行政诉讼；
- 整改隐患：无论是否处罚，均需及时消除消防违法行为，避免再次被罚或引发火灾事故。
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